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Decapodiridovirus SystematikKlassifikation VirenRealm Varidnaviria 2 Reich Bamfordvirae 2 Phylum Nucleocytoviricota 2 Kl

Decapodiridovirus

Decapodiridovirus ist eine Gattung von Riesenviren (Nucleocytoviricota, NCLDVs) aus der Familie der Iridoviridae, Unterfamilie Betairidovirinae. Die Viruspartikel (Virionen) der Gattung Decapodiridovirus sind mit 158 nm für Viren groß, Sie haben ein Kapsid mit ikosaedrischer Geometrie. Ihre natürlichen Wirte sind Krebse, insbesondere die der Familie Penaeidae (Dendrobranchiata).

Genom und Replikation Bearbeiten

Das Genom der Viren in der Gattung Decapodiridovirus besteht aus linearer Doppelstrang-DNA (dsDNA). Seine Größe von 165 kbp (Kilo-Basenpaaren) liegt zwischen den Genomen der Gattung Ranavirus und Megalocytivirus (d. h. einer Bandbreite von 100–140 kbp) einerseits und der Gattungen Lymphocystivirus, Iridovirus und Chloriridovirus (grob 200 kbp). Das Genom von Decapodiridovirus hat einen G+C-Gehalt von 35 % und verfügt über 170 mutmaßliche Offene Leserahmen (en. open reading frames, ORFs).

Die Sequenzanalyse des Genoms hatte gezeigt, dass sich diese bei Mitgliedern der Art (Spezies) Decapod iridescent virus 1 von der anderer Familienmitglieder der Iridoviridae unterscheidet, so dass das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) für diese Art eine eigene Gattung schuf.

Es wird vermutet, dass die Replikationsstrategie ähnlich wie bei anderen Iridoviriden (Mitgliedern der Familie Iridoviridae) ist. Obwohl die mutmaßlichen ORFs Orthologe unter anderen Mitgliedern der Unterfamilie Betairidovirinae haben, beträgt der Grad der Sequenzidentität im Allgemeinen weniger als 50 %. Zudem scheint dem Genom die kleine Untereinheit der Ribonukleotidreduktase zu fehlen – dies ist ein Gen, das bei anderen Iridoviriden als eines der 26 „Kerngene“ (en. core genes) identifiziert wurde.

Wirte und verursachte Symptome Bearbeiten

Viren der Spezies Decapod iridescent virus 1 sind die Ursache für schwere Erkrankungen mit einhergehender hoher Mortalität (Sterblichkeit) bei Penaeid-Garnelen (Familie Penaeidae in der Überfamilie Penaeoidea) und Flusskrebsen (Überfamilie Astacoidea). Hämopoetisches (blutkörperchen-erzeugendes) Gewebe, Kiemen und der hepatopankreatische Sinus (en. hepatopancreatic sinus) schienen Hauptziele der Infektion zu sein.

Es wurden (mindestens) zwei Isolate der Spezies Decapod iridescent virus 1 berichtet, eines aus Garnelen der Spezies Litopenaeus vannamei mit Bezeichnung Shrimp hemocyte iridescent virus (SHIV) und das andere aus dem Australischen Flusskrebs (Cherax quadricarinatus, auch Rotscherenkrebs genannt) mit Bezeichnung Cherax quadricarinatus iridovirus (CQIV). Die phylogenetischen Analysen weisen darauf hin, dass sich diese Isolate von bestehenden Gattungen der Familie/Unterfamilie abgrenzen. Allerdings zeigt eine Analyse, dass SHIV mit Mitgliedern der Unterfamilie Betairidovirinae geclustert ist, während ein anderer phylogenetischer Baum bei CQIV eine engere Beziehung zu Mitgliedern der Unterfamilie Alphairidovirinae nahelegt. Da die Hauptwirtsarten jedoch in beiden Fällen Wirbellose sind, und weil SHIV und CQIV beiden ein identifizierbares DNA-Methyltransferase-Gen fehlt, wurde für beide Varianten die gemeinsame die Gattung Decapodiridovirus als Mitglied der Unterfamilie Betairidovirinae taxonomisch festgelegt.

Systematik Bearbeiten

Die Systematik der Gattung Decapodiridovirus ist mit Stand Juni 2021 nach ICTV wie folgt:

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. ICTV: sdDNA Viruses > Ididoviridae – Subfamily: Betairidovirinae, abgerufen am 24. Juli 2021
  2. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  3. ↑ ICTV: (Memento des Originals vom 2. April 2022 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/talk.ictvonline.org, ICTV Report. Virus Taxonomy: 2020 Release,
    Anm.: Das Spezies-Epitheton von Cherax quadricarinatus ist hier teilweise als quadricarnatus (mit einem ‚i‘ weniger) verschrieben.
  4. NCBI: Shrimp hemocyte iridescent virus (no rank)
  5. NCBI: Cherax quadricarinatus iridovirus (species) (sic!)
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DecapodiridovirusSystematikKlassifikation VirenRealm Varidnaviria 2 Reich Bamfordvirae 2 Phylum Nucleocytoviricota 2 Klasse Megaviricetes 2 Ordnung Pimascovirales 2 Familie IridoviridaeUnterfamilie Betairidovirinae 1 Taxonomische MerkmaleGenom dsDNA linearBaltimore Gruppe 1Symmetrie ikosaedrischHulle vorhandenWissenschaftlicher NameDecapodiridovirusLinksNCBI Taxonomy 2560120 gen 2560405 sp ICTV Taxon History 202006294 gen 202006295 sp Decapodiridovirus ist eine Gattung von Riesenviren Nucleocytoviricota NCLDVs aus der Familie der Iridoviridae Unterfamilie Betairidovirinae 2 3 Die Viruspartikel Virionen der Gattung Decapodiridovirus sind mit 158 nm fur Viren gross Sie haben ein Kapsid mit ikosaedrischer Geometrie Ihre naturlichen Wirte sind Krebse insbesondere die der Familie Penaeidae Dendrobranchiata 3 Inhaltsverzeichnis 1 Genom und Replikation 2 Wirte und verursachte Symptome 3 Systematik 4 EinzelnachweiseGenom und Replikation BearbeitenDas Genom der Viren in der Gattung Decapodiridovirus besteht aus linearer Doppelstrang DNA dsDNA Seine Grosse von 165 kbp Kilo Basenpaaren liegt zwischen den Genomen der Gattung Ranavirus und Megalocytivirus d h einer Bandbreite von 100 140 kbp einerseits und der Gattungen Lymphocystivirus Iridovirus und Chloriridovirus grob 200 kbp Das Genom von Decapodiridovirus hat einen G C Gehalt von 35 und verfugt uber 170 mutmassliche Offene Leserahmen en open reading frames ORFs 3 Die Sequenzanalyse des Genoms hatte gezeigt dass sich diese bei Mitgliedern der Art Spezies Decapod iridescent virus 1 von der anderer Familienmitglieder der Iridoviridae unterscheidet so dass das International Committee on Taxonomy of Viruses ICTV fur diese Art eine eigene Gattung schuf 3 Es wird vermutet dass die Replikationsstrategie ahnlich wie bei anderen Iridoviriden Mitgliedern der Familie Iridoviridae ist Obwohl die mutmasslichen ORFs Orthologe unter anderen Mitgliedern der Unterfamilie Betairidovirinae haben betragt der Grad der Sequenzidentitat im Allgemeinen weniger als 50 Zudem scheint dem Genom die kleine Untereinheit der Ribonukleotidreduktase zu fehlen dies ist ein Gen das bei anderen Iridoviriden als eines der 26 Kerngene en core genes identifiziert wurde 3 Wirte und verursachte Symptome BearbeitenViren der Spezies Decapod iridescent virus 1 sind die Ursache fur schwere Erkrankungen mit einhergehender hoher Mortalitat Sterblichkeit bei Penaeid Garnelen Familie Penaeidae in der Uberfamilie Penaeoidea und Flusskrebsen Uberfamilie Astacoidea Hamopoetisches blutkorperchen erzeugendes Gewebe Kiemen und der hepatopankreatische Sinus en hepatopancreatic sinus schienen Hauptziele der Infektion zu sein Es wurden mindestens zwei Isolate der Spezies Decapod iridescent virus 1 berichtet eines aus Garnelen der Spezies Litopenaeus vannamei mit Bezeichnung Shrimp hemocyte iridescent virus SHIV und das andere aus dem Australischen Flusskrebs Cherax quadricarinatus auch Rotscherenkrebs genannt mit Bezeichnung Cherax quadricarinatus iridovirus CQIV Die phylogenetischen Analysen weisen darauf hin dass sich diese Isolate von bestehenden Gattungen der Familie Unterfamilie abgrenzen Allerdings zeigt eine Analyse dass SHIV mit Mitgliedern der Unterfamilie Betairidovirinae geclustert ist wahrend ein anderer phylogenetischer Baum bei CQIV eine engere Beziehung zu Mitgliedern der Unterfamilie Alphairidovirinae nahelegt Da die Hauptwirtsarten jedoch in beiden Fallen Wirbellose sind und weil SHIV und CQIV beiden ein identifizierbares DNA Methyltransferase Gen fehlt wurde fur beide Varianten die gemeinsame die Gattung Decapodiridovirus als Mitglied der Unterfamilie Betairidovirinae taxonomisch festgelegt 3 Systematik BearbeitenDie Systematik der Gattung Decapodiridovirus ist mit Stand Juni 2021 nach ICTV wie folgt 2 3 Familie IridoviridaeUnterfamilie BetairidovirinaeGattung DecapodiridovirusSpezies Decapod iridescent virus 1Stamm Shrimp hemocyte iridescent virus SHIV mit Isolat 20141215 4 Stamm Cherax quadricarinatus iridovirus CQIV mit Isolat CN01 5 dd dd dd Einzelnachweise Bearbeiten ICTV sdDNA Viruses gt Ididoviridae Subfamily Betairidovirinae abgerufen am 24 Juli 2021 a b c d e f g ICTV ICTV Master Species List 2020 v1 New MSL including all taxa updates since the 2019 release March 2021 MSL 36 a b c d e f g ICTV sdDNA Viruses gt Ididoviridae Genus Decapodiridovirus Memento des Originals vom 2 April 2022 im Internet Archive nbsp Info Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht gepruft Bitte prufe Original und Archivlink gemass Anleitung und entferne dann diesen Hinweis 1 2 Vorlage Webachiv IABot talk ictvonline org ICTV Report Virus Taxonomy 2020 Release Anm Das Spezies Epitheton von Cherax quadricarinatus ist hier teilweise als quadricarnatus mit einem i weniger verschrieben NCBI Shrimp hemocyte iridescent virus no rank NCBI Cherax quadricarinatus iridovirus species sic Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Decapodiridovirus amp oldid 232634982