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Chaseviridae SystematikKlassifikation VirenRealm Duplodnaviria 1 2 Reich HeunggongviraePhylum UroviricotaKlasse Caudovir

Chaseviridae

Chaseviridae
Systematik
Taxonomische Merkmale
Wissenschaftlicher Name
Chaseviridae
Links
NCBI Taxonomy: 2731689
ICTV Taxon History: 201907737

Chaseviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von Viren mit sog. Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes), deren natürlichen Wirte Mitglieder der bakteriellen Klasse Gammaproteobacteria sind – solche bakteriellen Viren nennt man auch Bakteriophagen. Der erste isolierte Phage von diesem Typ war der Escherichia-Phage φEcoM-GJ1.

Etymologie Bearbeiten

Der Name der Familie, Chase, wurde zu Ehren von Martha Cowles Chase (1927–2003) gewählt, die zusammen mit Alfred Hershey experimentell nachgewiesen hat, dass das genetische Material (Erbmaterial) aus DNA (und nicht Protein) besteht (Hershey-Chase-Experiment).

Beschreibung Bearbeiten

Mitglieder dieser Familie gehören zur Klasse Caudoviricetes (Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur) mit isometrischen (nicht etwa langgestreckten) Köpfen und sind vom Morphotyp Myoviren. Die Köpfe haben einen Durchmesser von ca. 62 nm, die kontraktilen Schwänze eine Länge von ca. 120 nm. Die Wirte sind Bakterien der Gattungen Aeromonas, Erwinia, Escherichia, Pectobacterium und Shewanella, alles Mitglieder der Klasse der Gammaproteobakterien.

Das Genom der Mitglieder der Chaseviridae hat im Durchschnitt eine Länge von 54,2 kbp (Kilobasenpaaren), darunter sind ca. 2,6 kbp direkte terminale Wiederholungen (englisch direct terminal repeats, DTRs). Der GC-Gehalt liegt bei ca. 46,5 mol% (43,6 – 52,8 mol%). Das Genom kodiert für etwa 77 Proteine und in einigen Fällen auch für eine tRNA (Transfer-RNA). Außer dort, wo Gattungen mit mehreren Arten identifiziert haben, zeigen die Mitglieder dieser Gruppe als Ganzes nur eine sehr geringe Verwandtschaft in der DNA-Sequenz, was mit der Bandbreite des GC-Gehalts korreliert.

Auf der Proteinebene (Proteom) teilen sich Erwinia-Phagen vB_ EamM-Y2 und Shewanella-Phagen SpYZU05 34,8 % Homologe. Zu den gemeinsamen Proteinen gehören die RNA-Polymerase, die DNA-Polymerase, die Primase und die Exonuklease. In den Analysen von Adriaenssens, Krupovic et al. (2020) gruppierten sich Aeromonas-Phage pAh6-C, Escherichia-Phage φEcoM-GJ1, Erwinia-Phage vB_EamM-Y2, Pectobacterium-Phage PM1 und Shewanella-Phage Spp001 in ein Cluster. Diese Analyse legte die Abgrenzung zweier Unterfamilien nahe: die eine umfasst die Gattungen Carltongylesvirus, Faunusvirus, Loessnervirus und Suwonvirus; die andere umfasst die Gattungen Pahsextavirus und Yushanvirus.

Systematik Bearbeiten

Gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) gliedert sich die Familie Chaseviridae mit Stand 11. Februar 2021 wie folgt in Unterfamilien, Gattungen und Arten (von letzteren ist hier nur eine Auswahl wiedergegeben, zusammen mit einer Auswahl an Vorschlägen nach NCBI in Anführungszeichen):

Familie Chaseviridae

  • Unterfamilie Cleopatravirinae
    • Gattung Carltongylesvirus
      • Spezies Escherichia-Virus GJ1 (englisch Escherichia virus GJ1, Typus, mit Escherichia-Phage phiEcoM-GJ1, φEcoM-GJ1)
      • Spezies Escherichia-Virus ST32 (en. Escherichia virus ST32)
      • Spezies „Escherichia-Phage flopper“ (en. „Escherichia phage flopper“)
    • Gattung Faunusvirus (nicht zu verwechseln mit der vorgeschlagenen Spezies „Faunusvirus sp.“ der Cafeteriaviren, Familie Mimiviridae)
      • Spezies Erwinia-Virus Faunus (en. Erwinia virus Faunus, Typus)
    • Gattung Loessnervirus
      • Spezies Erwinia-Virus Y2 (en. Erwinia virus Y2, Typus, mit Erwinia-Phage vB_EamM-Y2)
    • Gattung Myducvirus
      • Spezies Proteus-Virus Myduc (en. Proteus virus Myduc) mit Proteus-Phage Myduc (en. Proteus phage Myduc)
    • Gattung Sabourvirus
      • Spezies Escherichia-Virus 4HA13 (en. Escherichia virus 4HA13) mit Escherichia-Phage vB_EcoM_4HA13 (en. Escherichia phage vB_EcoM_4HA13)
    • Gattung Suwonvirus
      • Spezies Pectobacterium-Virus PM1 (en. Pectobacterium virus PM1, Typus)
      • Spezies Pectobacterium-Virus PP101 (en. Pectobacterium virus PP101)
  • Unterfamilie Nefertitivirinae
    • Gattung Pahsextavirus
      • Spezies Aeromonas-Virus pAh6C (en. Aeromonas virus pAh6C, Typus)
      • Spezies „Aeromonas-Phage PVN02“ (en. „Aeromonas phage PVN02“)
    • Gattung Yushanvirus
      • Spezies Shewanella-Virus Spp001 (en. Shewanella virus Spp001, Typus, mit Shewanella-Phage Spp001)
      • Spezies Shewanella-Virus SppYZU05 (en. Shewanella virus SppYZU05, mit Shewanella-Phage SppYZU05)

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  3. ↑ Evelien M. Adriaenssens, Mart Krupovic et al.: Taxonomy of prokaryotic viruses: 2018-2019 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee, in: Archives of Virology 165, 11. März 2020, S. 1253–1260, doi:10.1007/s00705-020-04577-8, PDF
  4. NCBI: Chaseviridae (family)
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Veröffentlichungsdatum:
ChaseviridaeSystematikKlassifikation VirenRealm Duplodnaviria 1 2 Reich HeunggongviraePhylum UroviricotaKlasse Caudoviricetes 1 2 Ordnung incertae sedisFamilie ChaseviridaeTaxonomische MerkmaleGenom dsDNA linearBaltimore Gruppe 1Symmetrie ikosaedrisch tailed Myoviren Wissenschaftlicher NameChaseviridaeLinksNCBI Taxonomy 2731689ICTV Taxon History 201907737Chaseviridae ist die Bezeichnung fur eine Familie von Viren mit sog Kopf Schwanz Aufbau Klasse Caudoviricetes deren naturlichen Wirte Mitglieder der bakteriellen Klasse Gammaproteobacteria sind solche bakteriellen Viren nennt man auch Bakteriophagen Der erste isolierte Phage von diesem Typ war der Escherichia Phage fEcoM GJ1 3 Inhaltsverzeichnis 1 Etymologie 2 Beschreibung 3 Systematik 4 EinzelnachweiseEtymologie BearbeitenDer Name der Familie Chase wurde zu Ehren von Martha Cowles Chase 1927 2003 gewahlt die zusammen mit Alfred Hershey experimentell nachgewiesen hat dass das genetische Material Erbmaterial aus DNA und nicht Protein besteht Hershey Chase Experiment 3 Beschreibung BearbeitenMitglieder dieser Familie gehoren zur Klasse Caudoviricetes Viren mit Kopf Schwanz Struktur mit isometrischen nicht etwa langgestreckten Kopfen und sind vom Morphotyp Myoviren Die Kopfe haben einen Durchmesser von ca 62 nm die kontraktilen Schwanze eine Lange von ca 120 nm Die Wirte sind Bakterien der Gattungen Aeromonas Erwinia Escherichia Pectobacterium und Shewanella alles Mitglieder der Klasse der Gammaproteobakterien Das Genom der Mitglieder der Chaseviridae hat im Durchschnitt eine Lange von 54 2 kbp Kilobasenpaaren darunter sind ca 2 6 kbp direkte terminale Wiederholungen englisch direct terminal repeats DTRs Der GC Gehalt liegt bei ca 46 5 mol 43 6 52 8 mol Das Genom kodiert fur etwa 77 Proteine und in einigen Fallen auch fur eine tRNA Transfer RNA Ausser dort wo Gattungen mit mehreren Arten identifiziert haben zeigen die Mitglieder dieser Gruppe als Ganzes nur eine sehr geringe Verwandtschaft in der DNA Sequenz was mit der Bandbreite des GC Gehalts korreliert Auf der Proteinebene Proteom teilen sich Erwinia Phagen vB EamM Y2 und Shewanella Phagen SpYZU05 34 8 Homologe Zu den gemeinsamen Proteinen gehoren die RNA Polymerase die DNA Polymerase die Primase und die Exonuklease In den Analysen von Adriaenssens Krupovic et al 2020 gruppierten sich Aeromonas Phage pAh6 C Escherichia Phage fEcoM GJ1 Erwinia Phage vB EamM Y2 Pectobacterium Phage PM1 und Shewanella Phage Spp001 in ein Cluster Diese Analyse legte die Abgrenzung zweier Unterfamilien nahe die eine umfasst die Gattungen Carltongylesvirus Faunusvirus Loessnervirus und Suwonvirus die andere umfasst die Gattungen Pahsextavirus und Yushanvirus 3 Systematik BearbeitenGemass International Committee on Taxonomy of Viruses ICTV gliedert sich die Familie Chaseviridae mit Stand 11 Februar 2021 wie folgt in Unterfamilien Gattungen und Arten von letzteren ist hier nur eine Auswahl wiedergegeben zusammen mit einer Auswahl an Vorschlagen nach NCBI in Anfuhrungszeichen 2 3 4 Familie Chaseviridae Unterfamilie Cleopatravirinae 3 Gattung Carltongylesvirus Spezies Escherichia Virus GJ1 englisch Escherichia virus GJ1 Typus mit Escherichia Phage phiEcoM GJ1 fEcoM GJ1 Spezies Escherichia Virus ST32 en Escherichia virus ST32 Spezies Escherichia Phage flopper en Escherichia phage flopper Gattung Faunusvirus nicht zu verwechseln mit der vorgeschlagenen Spezies Faunusvirus sp der Cafeteriaviren Familie Mimiviridae Spezies Erwinia Virus Faunus en Erwinia virus Faunus Typus Gattung Loessnervirus Spezies Erwinia Virus Y2 en Erwinia virus Y2 Typus mit Erwinia Phage vB EamM Y2 Gattung Myducvirus Spezies Proteus Virus Myduc en Proteus virus Myduc mit Proteus Phage Myduc en Proteus phage Myduc Gattung Sabourvirus Spezies Escherichia Virus 4HA13 en Escherichia virus 4HA13 mit Escherichia Phage vB EcoM 4HA13 en Escherichia phage vB EcoM 4HA13 Gattung Suwonvirus Spezies Pectobacterium Virus PM1 en Pectobacterium virus PM1 Typus Spezies Pectobacterium Virus PP101 en Pectobacterium virus PP101 Unterfamilie Nefertitivirinae 3 Gattung Pahsextavirus Spezies Aeromonas Virus pAh6C en Aeromonas virus pAh6C Typus Spezies Aeromonas Phage PVN02 en Aeromonas phage PVN02 Gattung Yushanvirus Spezies Shewanella Virus Spp001 en Shewanella virus Spp001 Typus mit Shewanella Phage Spp001 Spezies Shewanella Virus SppYZU05 en Shewanella virus SppYZU05 mit Shewanella Phage SppYZU05 Einzelnachweise Bearbeiten a b ICTV ICTV Master Species List 2019 v1 New MSL including all taxa updates since the 2018b release March 2020 MSL 35 a b c ICTV ICTV Master Species List 2020 v1 New MSL including all taxa updates since the 2019 release March 2021 MSL 36 a b c d e f Evelien M Adriaenssens Mart Krupovic et al Taxonomy of prokaryotic viruses 2018 2019 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee in Archives of Virology 165 11 Marz 2020 S 1253 1260 doi 10 1007 s00705 020 04577 8 PDF NCBI Chaseviridae family Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Chaseviridae amp oldid 238571798