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Lilyvirus SystematikKlassifikation VirenRealm Duplodnaviria 2 Reich HeunggongviraePhylum UroviricotaKlasse Caudoviricete

Lilyvirus

Lilyvirus ist die Bezeichnung für eine Gattung von Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau (Ordnung Caudovirales). Ihre Wirte sind Bakterien der Gattung Paenibacillus (Paenibacillaceae), was sie als Bakteriophagen klassifiziert.

Beschreibung und Forschungsgeschichte Bearbeiten

Der Bakteriophage Lily wurde 2015 aus infizierten Bienenwaben (englisch honeycomb) isoliert, die dem Landwirtschaftsministerium von North Carolina, USA, aus dem ganzen Bundesstaat vorgelegt wurden. Er infiziert Bakterien der Spezies Paenibacillus larvae, des Erregers der Bienenkrankheit Amerikanische Faulbrut, einer Schwesterspezies von P. polymyxa und P. dendritiformis. Für die Phagenisolierung und -vermehrung wurden die Stämme P. larvae ATCC 9545 und ATCC 25747 als Wirte benutzt.

Das Doppelstrang-DNA-Genom der Phagen hat eine Länge von 44.95 kbp (Kilo-Basenpaaren), sein G+C-Gehalt ist 42,7 %.

Erste Analysen deuteten auf Paenibacillus-Phage Leyra als nächsten Verwandten hin; dies ist ein Bakteriophage aus der Spezies (Spezies Paenibacillus-Virus Leyra (wissenschaftlich Fernvirus leyra), Gattung Fernvirus (früher Sitaravirus), Morphotyp ebenfalls zu den Siphoviren gehörend). Die Übereinstimmung war aber nicht groß genug, um beide Phagen derselben Gattung zuzuordnen. Aufgrund dieser Ergebnisse hatte das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) die neue Gattung Lilyvirus ursprünglich ebenfalls der inzwischen jedoch aufgelösten Familie Siphoviridae zugeordnet.

Diese Zuordnung musste inzwischen aufgrund weiterer, genauerer Analysen revidiert werden. Man suchte nach Homologien einzelner Abschnitte des Lily-Genoms zu bekannten Bakteriophagen mit Kopf-Schwanz-Aufbau (Caudovirales). Interessanterweise deuten die Ergebnisse darauf hin, dass der Ursprung des linken Endes von Lily ein anderer ist als der des rechten Endes. Das Protein AJK27737.1 (im Genom LILY_13) wurde als Protein der Schwanzscheide (en. tail sheath – durch sie injiziert der Phage seine DNA in die Wirtszelle) identifiziert. Das Protein AJK27747.1 (im Genom LILY_23), bei dem es sich um Protein für einen Sektor („Keil“) der Grundplatte der Schwanzstruktur (en. baseplate wedge) handelt. Es scheint also, dass das linke Ende des Lily-Genoms bestimmten Myoviren ähnlich ist, während das rechte Ende enger mit den bereits zuvor ausgemachten Siphoviren der Gattung Fernvirus verwandt ist. Das ICTV ist daher einem Vorschlag von 2019 gefolgt und hat die Familienzuordnung der Gattung Lilyvirus aufgehoben.

Systematik Bearbeiten

Die Gattung Lilyvirus setzt sich nach ICTV Master Species List (MSL) #36 mit Stand Ende Juni 2021 wie folgt zusammen (von den Spezies ist meist nur eine Auswahl angegeben):

Klasse: Caudoviricetes – Morphotyp: Siphoviren

  • Gattung: Lilyvirus (ohne Ordnungs- oder Familienzuweisung)
    • Spezies Paenibacillus-Virus Lily (wissenschaftlich Lilyvirus lily) – ehemals vorgeschlagen für Gattung Sitaravirus (inzwischen umbenannt in Fernvirus, vom Morphotyp auch zu den Siphoviren)

Dieser Paenibacillus-Phage Lily ist zu unterscheiden von dem ICTV-unbestätigten „Mycobacterium-Phagen Lily“ (en. „Mycobacterium phage Lily“), dessen Wirt der Stamm Mycobacterium smegmatis mc²155 ist. Wegen der Wirtsspezifität der Bakteriophagen mit Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes bzw. Ordnung Caudovirales) muss es sich um verschiedene Viren handeln, auch wenn der „Mycobacterium-Phage Lily“ wie alle bisher gefundenen Mykobakteriophagen sipho- oder myovirale-Morphologie haben und daher ebenfalls der Klasse Caudoviricetes angehören sollte.

Weblinks Bearbeiten

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
  2. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  3. ↑ Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens; 2018.052B.A.v1.Lilyvirus.zip (docx, xlsx), Vorschlag an das ICTV: To create one (1) new genus, Lilyvirus, containing a single species in the family Siphoviridae, Februar 2018
  4. ↑ Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens, I. Tolstoy: 2019.054B.zip (docx, xlsx), Vorschlag an das ICTV: Move four genera, rename two species and one genus; and, delete one genus in the order Caudovirales (mit Proposal 2: To transfer the genus Lilyvirus to the order Caudovirales), 2019
  5. Virus-Host DB: Paenibacillus larvae
  6. Susan Carson, Emily Bruff, William DeFoor, Jacob Dums, Adam Groth, Taylor Hatfield, Aruna Iyer, Kalyani Joshi, Sarah McAdams, Devon Miles, Delanie Miller, Abdoullah Oufkir, Brinkley Raynor, Sara Riley, Shelby Roland, Horace Rozier, Sarah Talley, Eric S. Miller: Genome Sequences of Six Paenibacillus larvae Siphoviridae Phages, in: Genome Announcements, Band 3, Nr. 3, Mai-Juni 2015, e00101-15, Epub 18. Juni 2015, doi:10.1128/genomeA.00101-15, PMC 4472882 (freier Volltext), PMID 26089405
  7. NCBI: Paenibacillus phage Leyra (species)
  8. ICTV: Taxonomy history: Fernvirus leyra
  9. ICTV: Taxonomy history: Fernvirus
  10. SIB: dsDNA, §Caudovirales: Siphoviridae. Auf: ViralZone.
  11. ICTV: Taxonomy history: Paenibacillus virus Lily, EC 51, Berlin, Germany, Jul​y 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
  12. NCBI: Bacteriophage Lily (no rank)
  13. PhagesDb: Mycobacterium phage Lily
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Veröffentlichungsdatum:
LilyvirusSystematikKlassifikation VirenRealm Duplodnaviria 2 Reich HeunggongviraePhylum UroviricotaKlasse Caudoviricetes 1 Ordnung incertae sedisFamilie incertae sedisGattung LilyvirusTaxonomische MerkmaleGenom dsDNA linearBaltimore Gruppe 1Symmetrie ikosaedrisch tailed Siphoviren Wissenschaftlicher NameLilyvirusLinksNCBI Taxonomy 2560167 Gattung 2560618 Spezies ViralZone Expasy SIB 236 Caudovirales Siphoviridae ICTV Taxon History 202006773 Gattung 202106774 Spezies Lilyvirus ist die Bezeichnung fur eine Gattung von Viren mit Kopf Schwanz Aufbau Ordnung Caudovirales Ihre Wirte sind Bakterien der Gattung Paenibacillus Paenibacillaceae was sie als Bakteriophagen klassifiziert 3 4 Inhaltsverzeichnis 1 Beschreibung und Forschungsgeschichte 2 Systematik 3 Weblinks 4 EinzelnachweiseBeschreibung und Forschungsgeschichte BearbeitenDer Bakteriophage Lily wurde 2015 aus infizierten Bienenwaben englisch honeycomb isoliert die dem Landwirtschaftsministerium von North Carolina USA aus dem ganzen Bundesstaat vorgelegt wurden Er infiziert Bakterien der Spezies Paenibacillus larvae 5 des Erregers der Bienenkrankheit Amerikanische Faulbrut einer Schwesterspezies von P polymyxa und P dendritiformis Fur die Phagenisolierung und vermehrung wurden die Stamme P larvae ATCC 9545 und ATCC 25747 als Wirte benutzt Das Doppelstrang DNA Genom der Phagen hat eine Lange von 44 95 kbp Kilo Basenpaaren sein G C Gehalt ist 42 7 6 3 Erste Analysen deuteten auf Paenibacillus Phage Leyra 7 als nachsten Verwandten hin dies ist ein Bakteriophage aus der Spezies Spezies Paenibacillus Virus Leyra wissenschaftlich Fernvirus leyra 8 Gattung Fernvirus fruher Sitaravirus Morphotyp ebenfalls zu den Siphoviren gehorend 9 Die Ubereinstimmung war aber nicht gross genug um beide Phagen derselben Gattung zuzuordnen Aufgrund dieser Ergebnisse hatte das International Committee on Taxonomy of Viruses ICTV die neue Gattung Lilyvirus ursprunglich ebenfalls der inzwischen jedoch aufgelosten Familie Siphoviridae zugeordnet 10 Diese Zuordnung musste inzwischen aufgrund weiterer genauerer Analysen revidiert werden Man suchte nach Homologien einzelner Abschnitte des Lily Genoms zu bekannten Bakteriophagen mit Kopf Schwanz Aufbau Caudovirales Interessanterweise deuten die Ergebnisse darauf hin dass der Ursprung des linken Endes von Lily ein anderer ist als der des rechten Endes Das Protein AJK27737 1 im Genom LILY 13 wurde als Protein der Schwanzscheide en tail sheath durch sie injiziert der Phage seine DNA in die Wirtszelle identifiziert Das Protein AJK27747 1 im Genom LILY 23 bei dem es sich um Protein fur einen Sektor Keil der Grundplatte der Schwanzstruktur en baseplate wedge handelt Es scheint also dass das linke Ende des Lily Genoms bestimmten Myoviren ahnlich ist wahrend das rechte Ende enger mit den bereits zuvor ausgemachten Siphoviren der Gattung Fernvirus verwandt ist Das ICTV ist daher einem Vorschlag von 2019 gefolgt und hat die Familienzuordnung der Gattung Lilyvirus aufgehoben 4 Systematik BearbeitenDie GattungLilyvirus setzt sich nach ICTV Master Species List MSL 36 mit Stand Ende Juni 2021 wie folgt zusammen von den Spezies ist meist nur eine Auswahl angegeben 2 4 Klasse Caudoviricetes Morphotyp Siphoviren Gattung Lilyvirus ohne Ordnungs oder Familienzuweisung Spezies Paenibacillus Virus Lily wissenschaftlich Lilyvirus lily 11 ehemals vorgeschlagen fur Gattung Sitaravirus inzwischen umbenannt in Fernvirus vom Morphotyp auch zu den Siphoviren Stamm Bacteriophage Lily 12 Dieser Paenibacillus Phage Lily ist zu unterscheiden von dem ICTV unbestatigten Mycobacterium Phagen Lily en Mycobacterium phage Lily dessen Wirt der Stamm Mycobacterium smegmatis mc 155 ist 13 Wegen der Wirtsspezifitat der Bakteriophagen mit Kopf Schwanz Aufbau Klasse Caudoviricetes bzw Ordnung Caudovirales muss es sich um verschiedene Viren handeln auch wenn der Mycobacterium Phage Lily wie alle bisher gefundenen Mykobakteriophagen sipho oder myovirale Morphologie haben und daher ebenfalls der Klasse Caudoviricetes angehoren sollte Weblinks BearbeitenCasey Stamereilers Lucy LeBlanc Diane Yost Penny S Amy Philippos K Tsourkas Comparative genomics of 9 novel Paenibacillus larvae bacteriophages in Bacteriophage Band 6 Nr 3 e1220349 Epub 5 August 2016 doi 10 1080 21597081 2016 1220349 Casey Stamereilers Christopher P Fajardo Jamison K Walker Katterinne N Mendez Eduardo Castro Nallar Julianne H Grose Sandra Hope Philippos K Tsourkas Genomic Analysis of 48 Paenibacillus larvae Bacteriophages in MDPI Viruses Band 10 Nr 7 Special Issue Bacteriophage Genomes and Genomics News from the Wild 377 doi 10 3390 v10070377Einzelnachweise Bearbeiten ICTV ICTV Master Species List 2021 v2 New MSL including some corrections a b ICTV ICTV Master Species List 2020 v1 New MSL including all taxa updates since the 2019 release March 2021 MSL 36 a b Andrew M Kropinski Evelien M Adriaenssens 2018 052B A v1 Lilyvirus zip docx xlsx Vorschlag an das ICTV To create one 1 new genus Lilyvirus containing a single species in the family Siphoviridae Februar 2018 a b c Andrew M Kropinski Evelien M Adriaenssens I Tolstoy 2019 054B zip docx xlsx Vorschlag an das ICTV Move four genera rename two species and one genus and delete one genus in the order Caudovirales mit Proposal 2 To transfer the genus Lilyvirus to the order Caudovirales 2019 Virus Host DB Paenibacillus larvae Susan Carson Emily Bruff William DeFoor Jacob Dums Adam Groth Taylor Hatfield Aruna Iyer Kalyani Joshi Sarah McAdams Devon Miles Delanie Miller Abdoullah Oufkir Brinkley Raynor Sara Riley Shelby Roland Horace Rozier Sarah Talley Eric S Miller Genome Sequences of SixPaenibacillus larvae SiphoviridaePhages in Genome Announcements Band 3 Nr 3 Mai Juni 2015 e00101 15 Epub 18 Juni 2015 doi 10 1128 genomeA 00101 15 PMC 4472882 freier Volltext PMID 26089405 NCBI Paenibacillus phage Leyra species ICTV Taxonomy history Fernvirus leyra ICTV Taxonomy history Fernvirus SIB dsDNA Caudovirales Siphoviridae Auf ViralZone ICTV Taxonomy history Paenibacillus virus Lily EC 51 Berlin Germany Jul y 2019 Email ratification March 2020 MSL 35 NCBI Bacteriophage Lily no rank PhagesDb Mycobacterium phage Lily Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Lilyvirus amp oldid 238908571