Verrucomicrobiota kommen in der Umwelt häufig vor, sind aber relativ inaktiv. Dieses Phylum hat zwei Schwesterphyla: Chlamydiota (ehemals Chlamydiae, mit den Chlamydien) und Lentisphaerota (ehemals Lentisphaerae) innerhalb des PVC-Superphylums. Der Phylum Verrucomicrobiota lässt sich von benachbarten Phyla innerhalb der PVC-Gruppe durch das Vorhandensein mehrerer konservierter Signatur-Indels (englischconserved signature indels, CSIs) unterscheiden. Diese CSIs stellen charakteristische, synapomorphe Merkmale dar, die auf eine gemeinsame Abstammung der Verrucomicrobiota und eine von anderen Bakterienkladen unabhängige Abstammung hindeuten. Es wurden auch CSIs gefunden, die Verrucomicrobiota und Chlamydiota ausschließlich mit allen anderen Bakterien gemeinsam haben. Diese CSIs belegen, dass die Chlamydiota die engsten Verwandten von Verrucomicrobiota sind, und dass sie enger miteinander verwandt sind als mit den Planctomycetales. Die Verrucomicrobiota gehören möglicherweise zur Gruppe der Planctobacteria innerhalb der größeren Gruppe der Gracilicutes.
Überblick über ausgewählte Merkmale von vier pflanzenbesiedelnder Stämme der Verrucomicrobiota. Merkmale, die diesen gemeinsam sind, sind blau dargestellt. Neben dem Kohlenhydratstoffwechsel, ausgewählten Transportern und Stickstoffkreisläufen sind auch vermutete Wechselwirkungen zwischen Pflanze und Mikrobe dargestellt.
Im Jahr 2008 wurde das gesamte Genom von Methylacidiphilum infernorum mit einer Größe von 2,3 Mbp (Megabasenpaarae) veröffentlicht. Auf dem einzigen zirkulären Bakterienchromosom wurden nach Vorhersage Gene für 2473 kodierteProteine gefunden, von denen 731 keine nachweisbaren Homologe hatten. Diese Analysen ergaben jedoch viele mögliche Homologien mit den Pseudomonadota.
PhylogenieBearbeiten
16S-rRNA-basiert nach The All-Species Living Tree Project, LTP_01_2022
Gattung OpitutusChinet al.. 2001 mit O. oryzae [O. sp. ER46(N)] – Stamm ER46
Gattung PelagicoccusYoonet al.. 2007
Gattung RariglobusPittet al.. 2020
Gattung „Ca. Synoicihabitans“ Murrayet al.. 2021
TME-Aufnahme eines Stage-II-Epixenosoms an der Oberfläche von Euplotidium itoi (syn. Paraeuplotidium itoi) Giovanna Rosati, 1999Familie Puniceicoccaceae Chooet al.. 2007
Familie „Spyradosomataceae“ Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022
Familie Verruco-01
Gattung OceanipulchritudoFenget al.. 2020
Klasse „Methylacidiphilae“(N) (in der GTDB zur Klasse Verrucomicribiae)
Ordnung „Methylacidiphilales“ Op den Camp 2009 [„Limisphaerales“ Podosokorskayaet al.. 2022, ?Verrucomicrobia subdivision 2]
Familie „Methylacidiphilaceae“ Op den Camp 2009
Gattung „Methylacidimicrobium“ van Teeselinget al.. 2014
Gattung „Ca. Methylacidiphilum“ Houet al.. 2008 mit M. fumariolicum
Gattung „Ca. Methylacidithermus“ Piconeet al.. 2021 mit Ca. M. pantelleriae
Familie „Limisphaeraceae“ Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [NGM72-4]
Familie Verrucomicrobiaceae Ward-Raineyet al.. 1996 [Verrucomicrobia subdivision 1(N)]
Gattung „Fucophilus“ Sakaiet al.. 2001b
Gattung BrevifollisOtsukaet al.. 2013
Gattung PhragmitibacterSzuróczkiet al.. 2021
Gattung ProsthecobacterStaleyet al.. 1976 ex Staleyet al.. 1980
Gattung RoseimicrobiumOtsukaet al.. 2013
Gattung VerrucomicrobiumSchlesner 1988 mit V. spinosum
Gattungen ohne nähere Zuordnung
Anmerkungen:
NamensherkunftBearbeiten
Der Name das Phylums, Verrucomicrobiota, leitet sich ab von der Typusgattung Verrucomicrobium, versehen mit der Endung „-ota“, um ein Phylum zu kennzeichnen: Die Verrucomicrobiota sind das Phylum der Gattung Verrucomicrobium (in der früher vorgheschlagenen Bezeichnung Verrucomicrobaeota steckt lateinischmicrobae‚Mikroben‘, in der aktuellen Bezeichnung dagegen die Zusammensetzung ‚Micro-Biota‘).
Der Name der Typusgattung Verrucomicrobium leitet sich ab von lateinisch verruca‚Warze‘ und neulateinisch microbium‚Mikrobe‘ von altgriechischμικρόςmikrós, deutsch ‚klein‘, ‚eng‘; der Name bedeutet also eine warzige Mikrobe.
BildergalerieBearbeiten
Zellmorphologie von im Innern von Pflanzen lebende (endophytische) Verrucomicrobiota: Zeile 1: Albicoccus flocculans EW11, Zeile 2: Opitutus terrae ER46, Zeile 3: Spartobacter rhizophilus LR76, Zeile 4: Astrumicrobium roseum LW23. Spalten (A,B): TEM-Aufnahmen von Dünnschnitten. Spalten (C,D): Färbung mit SYBR-Grün, um kondensierte Nukleinsäuren im Zellinneren mittels konfokaler Laser-Scanning-Mikroskopie sichtbar zu machen. Weiße Pfeilspitze zeigen auf elektronendichtes Material. Balken: 500 nm (Bilder 1–2 A + B, 3–4 B), 1000 nm (Bilder 3–4 A) bzw. 2 µm (Spalten C,D). Endosporen wurden nicht beobachtet.
Commons: Verrucomicrobiota – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien
Wikispecies: Verrucomicrobiota – Artenverzeichnis
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Verrucomicrobiota fruhere Bezeichnung Verrucomicrobia ist ein Phylum Abteilung oder Stamm gramnegativer Bakterien das nur wenige beschriebene Arten enthalt Die identifizierten Arten wurden aus Susswasser Meerwasser Boden und menschlichen Fakalien isoliert Eine Reihe noch nicht kultivierter Arten wurde in Verbindung mit eukaryotischen Wirten identifiziert darunter extrusive explosive Ektosymbionten von Protisten und Endosymbionten von Nematoden die in deren Gameten leben 2 VerrucomicrobiotaVerrucomicrobium spinosum wp warzenartige Gebilde Prosthakate fi haarartige sog Fimbrien ausgehend von den Spitzen einiger ProsthakateSystematikDomane Bakterien Bacteria ohne Rang Gracilicutesohne Rang PVC Gruppe PVC group 1 ohne Rang PlanctobacteriaAbteilung VerrucomicrobiotaWissenschaftlicher NameVerrucomicrobiotaHedlund 2021 2 Verrucomicrobiota kommen in der Umwelt haufig vor sind aber relativ inaktiv 3 Dieses Phylum hat zwei Schwesterphyla Chlamydiota ehemals Chlamydiae mit den Chlamydien und Lentisphaerota ehemals Lentisphaerae innerhalb des PVC Superphylums 4 Der Phylum Verrucomicrobiota lasst sich von benachbarten Phyla innerhalb der PVC Gruppe durch das Vorhandensein mehrerer konservierter Signatur Indels englisch conserved signature indels CSIs unterscheiden 5 Diese CSIs stellen charakteristische synapomorphe Merkmale dar die auf eine gemeinsame Abstammung der Verrucomicrobiota und eine von anderen Bakterienkladen unabhangige Abstammung hindeuten 6 7 Es wurden auch CSIs gefunden die Verrucomicrobiota und Chlamydiota ausschliesslich mit allen anderen Bakterien gemeinsam haben Diese CSIs belegen dass die Chlamydiota die engsten Verwandten von Verrucomicrobiota sind und dass sie enger miteinander verwandt sind als mit den Planctomycetales 7 Die Verrucomicrobiota gehoren moglicherweise zur Gruppe der Planctobacteria innerhalb der grosseren Gruppe der Gracilicutes 8 Uberblick uber ausgewahlte Merkmale von vier pflanzenbesiedelnder Stamme der Verruco micro biota Merkmale die diesen gemeinsam sind sind blau dargestellt Neben dem Kohlenhydratstoffwechsel ausgewahlten Transportern und Stickstoffkreislaufen sind auch vermutete Wechselwirkungen zwischen Pflanze und Mikrobe dargestellt Im Jahr 2008 wurde das gesamte Genom von Methylacidiphilum infernorum mit einer Grosse von 2 3 Mbp Megabasenpaarae veroffentlicht Auf dem einzigen zirkularen Bakterienchromosom wurden nach Vorhersage Gene fur 2473 kodierte Proteine gefunden von denen 731 keine nachweisbaren Homologe hatten Diese Analysen ergaben jedoch viele mogliche Homologien mit den Pseudomonadota 9 10 Inhaltsverzeichnis 1 Phylogenie 2 Systematik 3 Namensherkunft 4 Bildergalerie 5 Siehe auch 6 Weblinks 7 EinzelnachweisePhylogenie Bearbeiten16S rRNA basiert nach The All Species Living Tree Project LTP 01 2022 11 Kiritimatiellota Kiritimatiellae Verrucomicrobiota Opitutae Opitutales Opitutaceae Puniceicoccales Alterococcus Puniceicoccaceae Verrucomicrobia Pedosphaerales Terrimicrobiales Terrimicrobiaceae Verrucomicrobiales Verrucomicrobiaceae Akkermansiaceae Rubritaleaceae Lentisphaerota LentisphaeriaVorlage Klade Wartung StyleBasierend auf 120 Einzelkopie Markerproteinen GTDB GTDB 08 RS214 12 Verrucomicrobiota Kiritimatiellia Spyradenecales Spyradenecaceae Kiritimatiellales Kiritimatiellaceae Tichowtungiaceae Pontiellaceae Verrucomicrobiia Opitutales Opitutaceae Moanibacteraceae Verruco 01 Merdousiaceae Spyradosomataceae Cerasicoccaceae Coraliomargaritaceae Puniceicoccaceae Limisphaerales Limisphaeraceae Pedosphaeraceae Methylacidiphilales Methylacidiphilaceae Terrimicrobiales Chthoniobacteraceae Udaeobacteraceae Terrimicrobiaceae Xiphinematobacteraceae Verrucomicrobiales Akkermansiaceae SLCJ01 Verrucomicrobiaceae Lentisphaeria Lentisphaerales Lentisphaeraceae Oligosphaerales Oligosphaeraceae Victivallales VictivallaceaeVorlage Klade Wartung StyleSystematik BearbeitenDie gegenwartig akzeptierte Taxonomie basiert auf der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature LPSN 13 und des National Center for Biotechnology Information NCBI 1 erganzt nach der Genome Taxonomy Database GTDB Es ist nur eine Auswahl der Gattungen und einige Spezies angegeben Synonyme sind in eckigen Klammern angegeben 12 Phylum Verrucomicrobiota Hedlund 2021 2 Synonyme Verrucomicrobiota Whitman et al 2018 Verrucomicrobaeota Oren et al 2015 Verrucomicrobia Hedlund et al 1997 Hedlund 2010 Yoon et al 2010Klasse Opitutae Choo et al 2007 Ordnung Opitutales Choo et al 2007 Familie Cerasicoccaceae Pallen Rodriguez R amp Alikhan 2022 KCTC 12870 Familie Coraliomargaritaceae Pallen Rodriguez R amp Alikhan 2022 DSM 45221 Familie Merdousiaceae Pallen Rodriguez R amp Alikhan 2022 CAG 312 Familie Moanibacteraceae Pallen Rodriguez R amp Alikhan 2022 Familie Opitutaceae Choo et al 2007 Gattung Albicoccus 14 EW11 G mit A flocculans 14 EW11 sp003054665 G Optitutaceae bacterium EW11 N Stamm EW11 Gattung Alterococcus Shieh amp Jean 1999 Gattung Cephaloticoccus Lin et al 2016 Gattung Ca Didemniditutus corrig Lopera et al 2017 Gattung Ereboglobus Tegtmeier et al 2018 Gattung Geminisphaera Wertz et al 2018 Gattung Lacunisphaera Rast et al 2017 Gattung Nibricoccus Baek et al 2019 Gattung Oleiharenicola Rochman et al 2018 Gattung Opitutus Chin et al 2001 mit O oryzae O sp ER46 N Stamm ER46 14 Gattung Pelagicoccus Yoon et al 2007 Gattung Rariglobus Pitt et al 2020 Gattung Ca Synoicihabitans Murray et al 2021 nbsp TME Aufnahme eines Stage II Epixenosoms an der Oberflache von Euplotidium itoi syn Paraeuplotidium itoi 15 Giovanna Rosati 1999Familie Puniceicoccaceae Choo et al 2007 Familie Spyradosomataceae Pallen Rodriguez R amp Alikhan 2022 Familie Verruco 01 Gattung Oceanipulchritudo Feng et al 2020Klasse Methylacidiphilae N in der GTDB zur Klasse Verrucomicribiae Ordnung Methylacidiphilales Op den Camp 2009 Limisphaerales Podosokorskaya et al 2022 Verrucomicrobia subdivision 2 14 Familie Methylacidiphilaceae Op den Camp 2009 Gattung Methylacidimicrobium van Teeseling et al 2014 Gattung Ca Methylacidiphilum Hou et al 2008 mit M fumariolicum Gattung Ca Methylacidithermus Picone et al 2021 mit Ca M pantelleriae Familie Limisphaeraceae Pallen Rodriguez R amp Alikhan 2022 NGM72 4 Familie Pedosphaeraceae Familie GAS474 G 14 Familie UBA1321 Gattung LW23 G mit LW23 sp003054695 Verrucomicrobia bacterium LW23 N Stamm LW23 14 Methylacidiphilae ohne nahere Zuordnung Methylacidiphilae bacterium JGI 000193CP F02 N dd Klasse Spartobacteria N Xiphinematobacteriaceae N Verrucomicrobia subdivision 2 N in der GTDB zur Klasse Terrimicrobia Gattung Spartobacter N in der GTDB zur Gattung Terrimicrobium mit S rhizophilus 14 Spartobacteria bacterium LR76 N Terrimicrobium sp003054655 G Stamm LR76 14 dd Klasse Terrimicrobia Garcia Lopez et al 2020 Ordnung Terrimicrobiales Garcia Lopez et al 2020 Chthoniobacterales Sangwan et al 2004 Familie Chthoniobacteraceae Sangwan et al 2004 Familie Terrimicrobiaceae Garcia Lopez et al 2020 Familie Udaeobacteraceae Pallen Rodriguez R amp Alikhan 2022 UBA10450 Familie Xiphinematobacteraceae Gattung Ca Xiphinematobacter Vandekerckhove et al 2000 Familie UBA10450 G Klasse Verrucomicrobiae Hedlund et al 1998 Ordnung Verrucomicrobiales Ward Rainey et al 1996 Familie Akkermansiaceae Hedlund amp Derrien 2012 Familie SLCJ01 Gattung Sulfuriroseicoccus Feng et al 2022 Familie Verrucomicrobiaceae Ward Rainey et al 1996 Verrucomicrobia subdivision 1 N Gattung Fucophilus Sakai et al 2001b Gattung Brevifollis Otsuka et al 2013 Gattung Phragmitibacter Szuroczki et al 2021 Gattung Prosthecobacter Staley et al 1976 ex Staley et al 1980 Gattung Roseimicrobium Otsuka et al 2013 Gattung Verrucomicrobium Schlesner 1988 16 mit V spinosumGattungen ohne nahere ZuordnungGattung Ca Nucleicoccus corrig Sato et al 2014 Gattung Ca Organicella Williams et al 2021 mit O extenuata N Isolat MAG Ga0307966 1000010 Gattung Ca Rhizospheria Nunes da Rocha 2010 dd dd Anmerkungen N NCBI G GTDBNamensherkunft BearbeitenDer Name das Phylums Verrucomicrobiota leitet sich ab von der Typusgattung Verrucomicrobium versehen mit der Endung ota um ein Phylum zu kennzeichnen Die Verrucomicrobiota sind das Phylum der Gattung Verrucomicrobium 13 in der fruher vorgheschlagenen Bezeichnung Verrucomicrobaeota steckt lateinisch microbae Mikroben in der aktuellen Bezeichnung dagegen die Zusammensetzung Micro Biota Der Name der Typusgattung Verrucomicrobium leitet sich ab von lateinisch verruca Warze und neulateinisch microbium Mikrobe von altgriechisch mikros mikros deutsch klein eng der Name bedeutet also eine warzige Mikrobe 13 Bildergalerie Bearbeiten nbsp Zellmorphologie von im Innern von Pflanzen lebende endophytische Verrucomicrobiota Zeile 1 Albicoccus flocculans EW11 Zeile 2 Opitutus terrae ER46 Zeile 3 Spartobacter rhizophilus LR76 Zeile 4 Astrumicrobium roseum LW23 Spalten A B TEM Aufnahmen von Dunnschnitten Spalten C D Farbung mit SYBR Grun um kondensierte Nukleinsauren im Zellinneren mittels konfokaler Laser Scanning Mikroskopie sichtbar zu machen Weisse Pfeilspitze zeigen auf elektronendichtes Material Balken 500 nm Bilder 1 2 A B 3 4 B 1000 nm Bilder 3 4 A bzw 2 µm Spalten C D Endosporen wurden nicht beobachtet Siehe auch BearbeitenSystematik der BakterienWeblinks Bearbeiten nbsp Commons Verrucomicrobiota Sammlung von Bildern Videos und Audiodateien nbsp Wikispecies Verrucomicrobiota Artenverzeichnis Marcel T Kouete Molly C Bletz Brandon C LaBumbard Douglas C Woodhams David C Blackburn Parental care contributes to vertical transmission of microbes in a skin feeding and direct developing caecilian In Animal Microbiome Band 5 Nr 28 15 Mai 2023 doi 10 1186 s42523 023 00243 x englisch Dazu Wormlike animals are first amphibians shown to pass microbes to their offspring Auf EurekAlert vom 24 Juli 2023 Zu den fraglichen Mikroben der Erdwuhlen Art Herpele squalostoma gehoren u a auch Verrucomicrobiaceae Einzelnachweise Bearbeiten a b Sayers et al Verrucomicrobia National Center for Biotechnology Information NCBI taxonomy database abgerufen 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