Thumleimavirales

Thumleimavirales
Morphotypen der Thumleimavirales: Myo- (links) und Siphoviren (rechts)
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Duplodnaviria Reich: Heunggongvirae Phylum: Uroviricota Klasse: Caudoviricetes Ordnung: Thumleimavirales
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA unsegmentiert Baltimore: Gruppe 1 Symmetrie: ikosaedrisch, tailed Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Thumleimavirales
Links
NCBI Taxonomy: 2942680 ICTV Taxon History: 202112155

Thumleimavirales ist eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im März 2022 mit der Master Species List (MSL) #37 neu geschaffene Ordnung von Viren innerhalb der Klasse Caudoviricetes. Die Einrichtung dieser Klasse geschah im Zug der Reorganisation dieser Klasse von Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau (die zuvor von der früheren Ordnung Caudovirales im taxonomischen Rang hochgestuft worden war). Diese Reorganisation war nötig geworden, nachdem Genomanalysen eine sehr große Heterogenität dieser heutigen Klasse gezeigt hatten, die sowohl Bakterienviren als auch Archaeenviren (englisch archaeal tailed viruses, arTVs) umfasst, und deren Genom grundsätzlich aus einem dsDNA-Molekül besteht, das entweder linear oder ringförmig geschlossen sein kann.

Clusteranalyse unter den Archaeen­viren der Caudo­viricetes (arTVs). Mitte und oben links: Thum­leima­virales, Mitte und oben rechts: Kirjokansi­virales, unten: Methano­ba­virales.

Die Ordnung Thumleimavirales umfasst eine Klade (Verwandtschaftsgruppe) von solchen arTVs, die in der Genome Relationships Applied to Virus Taxonomy (GRAViTy) genannten Clusteranalyse eine als Cluster I bezeichnete Klade bildeten. Die bei der Clusteranalyse festgestellten Ähnlichkeiten unter den hier zusammengefassten Viren betreffen:

• an der Morphogenese der Viruspartikel (Virionen) beteiligten Proteine: Hauptkapsidprotein (englisch major capsid protein, MCP), ein Protein ähnlich dem J-Protein der Basisplatte (engl. baseplate wedge J-like protein), Proteine der Schwanzscheide (engl. tail sheet) usw.
• Proteine für die Genomreplikation (PolB und MCM)
• Proteine für den Nukleotidmetabolismus und die DNA-Reparatur
• diverse weitere Proteine: eine Metalloprotease, eine Phosphatase (DUSP), verschiedene Nukleasen und Proteine mit ATPase-Domänen.

Insgesamt wurden vier Familien Hafunaviridae, Druskaviridae (ursprünglich Queuoviridae genannt), Soleiviridae und Halomagnusviridae in der damals neuen Virusordnung Thumleimavirales zusammengefasst. Alle infizieren halophile Archaeen (s. u.) und sind daher nicht-taxonomisch als Haloviren klassifiziert.

Etymologie

Der Name Thumleimavirales leitet sich ab von Thumleima, der Göttin und weiblichen Personifikation des Salzes und der natürlichen Salzsole in der Meitei-Mythologie (Indien), gefolgt von der Endung '-virales' für Virusordnungen. Der weibliche Vorname „Thumleima“ (tʰum.lə́i.mə, ꯊꯨꯝꯂꯩꯃ) der Meitei setzt sich dabei aus zwei Worten zusammen: „Thum“ (tʰum, ꯊꯨꯝ) bedeutet „Salz“ und „Leima“ (lə́i.mə, ꯂꯩꯃ) bedeutet „Königin“, „Dame“ oder „Mätresse“. „Thumleima“ meint also „Salzkönigin“, eine Anspielung auf die halophile Natur dieser Archaeenviren.

Systematik

Viele der von den Mitgliedsviren gebildeten Gattungen und Familien umfassen nur ein oder zwei Mitglieder, was darauf hindeutet, dass die genetische Vielfalt dieser Archaeenviren noch weitgehend unerforscht ist. Die folgende Liste hat den Stand Mitte März 2023 (MSL #37):

Klasse Caudoviricetes

• Ordnung Thumleimavirales (halophile arTV Klade I: Archaeen-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur: Myoviren und Siphoviren; 4 Familien)
  • Familie Hafunaviridae (Myoviren, früher in Familie Myoviridae; 4 Gattungen)
    • Gattung Haloferacalesvirus (früher Hfunalikevirus; 7 Spezies)
      • Spezies Haloferacalesvirus HRTV8 (früher Halorubrum Tailed Virus 8, mit HRTV-8, HRTV-14, HRTV-17, HRTV-19, HRTV-23)
      • Spezies Haloferacalesvirus HRTV10 (früher Halorubrum Tailed Virus 10, mit HRTV-10, HRTV-18, HRTV-20, HRTV-22, HRTV-26)
      • Spezies Haloferacalesvirus HSTV4 (früher Halorubrum sodomense tailed virus 4, mit HSTV-4)
      • Spezies Haloferacalesvirus HRTV5 (früher Halorubrum Tailed Virus 5, mit HRTV-5)
      • Spezies Haloferacalesvirus HF1 (früher Haloferax virus HF1, mit HF1, HF2, Hardycor2)
      • Spezies Haloferacalesvirus HJTV2 (früher Haloarcula japonica tailed virus 2, mit HRTV-24, HJTV-2, HSTV-3, HJRV-3, HRTV-15)
      • Spezies Haloferacalesvirus Serpecor1 (früher Halorubrum coriense virus Serpecor1, mit Serpecor1)
    • Gattung Mincapvirus (1 Spezies)
      • Spezies Mincapvirus HSTV2 (früher Halorubrum sodomense tailed virus 2, mit HSTV-2, HRTV-7, HRTV-2, HRTV-11, HCTV-6, HCTV-15)
    • Gattung Laminvirus (1 Spezies)
      • Spezies Laminvirus HRTV25 (früher Halorubrum tailed virus 25, mit HRTV-25)
    • Gattung Minorvirus (1 Spezies)
    • Spezies Minorvirus HRTV27 (früher Halorubrum tailed virus 27, mit HRTV-27)
  • Familie Druskaviridae (früher Queuoviridae; Siphoviren)
    • Gattung Tredecimvirus
      • Spezies Tredecimvirus HVTV1 (früher Haloarcula vallismortis tailed virus 1, mit HVTV-1, HVTV-2, HCTV-5)
        – HVTV-2 war ursprünglich vorgeschlagen als eigene Spezies „Haloarcula virus HVTV-2“
        – HCTV-5 war ursprünglich vorgeschlagen als eigene Spezies „Halovirus HCTV-5“
    • Gattung Hacavirus
      • Spezies Hacavirus HCTV1 (früher Haloarcula californiae tailed virus 1, mit HCTV-1, HCTV-16)
        – HCTV-16 war ursprünglich vorgeschlagen als eigene Spezies „Haloarcula virus HCTV-16“
  • Familie Soleiviridae (Myoviren; 1 Gattung)
    • Gattung Eilatmyovirus (1 Spezies)
      • Spezies Eilatmyovirus HATV2 (früher Haloarcula tailed virus 2, mit HATV-2)
  • Familie Halomagnusviridae (Myoviren; 1 Gattung)
    • Gattung Hagravirus (1 Spezies)
      • Spezies Hagravirus HGTV1 (früher Halogranum tailed virus 1, mit HGTV-1)

Anmerkungen

1. Halorubrum coriense virus Hardycor2

Einzelnachweise

1. ICTV: ICTV Master Species List 2021.v1, New MSL including all taxa updates since the 2020 release, March 2022 (MSL #37).
2. ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
3. ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36).
4. ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
5. ICTV: Thumleimavirales.
6. Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic (ICTV Archaeal Viruses Subcommittee): Create three new orders and 14 new families in the class Caudoviricetes (Duplodnaviria, Uroviricota) for classification of archaeal tailed viruses. Vorschlag 2021.001A an das ICTV, zip(docx,xlsx). Oktober 2020.
7. Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic: Diversity, taxonomy, and evolution of archaeal viruses of the class Caudoviricetes. In: PLOS Biology, Band 19, Nr. 11, e3001442, 9. November 2021; doi:10.1371/journal.pbio.3001442, PMID 34752450, PMC 8651126 (freier Volltext).
8. Pakorn Aiewsakun, Peter Simmonds: The genomic underpinnings of eukaryotic virus taxonomy: creating a sequence-based framework for family-level virus classification. In: Microbiome, Band 6, Nr. 38, 20. Februar 2018; doi:10.1186/s40168-018-0422-7, PMID 29458427.
9. Learners' Manipuri-English dictionary.Thum. In: uchicago.edu. 2006; abgerufen im 1. Januar 1 (englisch). 
10. Learners' Manipuri-English dictionary.Leima. In: uchicago.edu. 2006; abgerufen im 1. Januar 1 (englisch). 
11. Darius Kazlauskas, Mart Krupovic, Česlovas Venclovas: The logic of DNA replication in double-stranded DNA viruses: insights from global analysis of viral genomes. In: Nucleic Acids Research. Band 44, Nr. 10, 2. Juni 2016, S. 4551​–4564; doi:10.1093/nar/gkw322, PMC 4889955 (freier Volltext), PMID 27112572.
12. NCBI Taxonomy Browser: Halorubrum phage HF2 (no rank). In species: Haloferacalesvirus HF2.
13. Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew B. Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida: Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean. In: ASM Journals: mSphere, Band 2, Nr. 2, März–April 2017, e00359-16; doi:10.1128/mSphere.00359-16, PMC 5332604 (freier Volltext), PMID 28261669, insbesondere Fig. 4.
14. David Prangishvili, Dennis H. Bamford, Patrick Forterre, Jaime Iranzo, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic: The enigmatic archaeal virosphere. In: Nature Reviews Microbiology. Band 15. Jahrgang, Nr. 12, 10. November 2017, S. 724–739, doi:10.1038/nrmicro.2017.125, PMID 29123227 (englisch).  Siehe insbes. Fig. 1.
15. Virus-Host DB: Halorubrum Tailed Virus 7.
16. NCBI Taxonomy Browser: Halovirus HVTV-1 (species).
17. NCBI Taxonomy Browser: Halovirus HCTV-5 (species).
18. Mike Dyall-Smith, Friedhelm Pfeiffer, Pei-Wen Chiang, Sen-Lin Tang: The Novel Halovirus Hardycor1, and the Presence of Active (Induced) Proviruses in Four Haloarchaea. In: MDPI: Genes, Band 12, Nr. 149, 23. Januar 2021; doi:10.3390/genes12020149! PDF.