www.wikidata.de-de.nina.az

Alu Sequenz en sind eine Familie repetitiver sich wiederholender DNA Sequenzen in Genomen von Primaten 1 Sie gehören zu

Alu-Sequenz

Alu-Sequenzen sind eine Familie repetitiver (sich wiederholender) DNA-Sequenzen in Genomen von Primaten. Sie gehören zu den short interspersed nucleotide elements (dt. ‚kurze, verteilte Nukleotidelemente‘), abgekürzt SINEs. Alu-Sequenzen sind jeweils circa 300 Basenpaare (bp) lang, machen jedoch über 10 % des menschlichen Genoms aus (das entspricht einer Kopienanzahl von über 1 Million). Sie sind besonders häufig in den überdurchschnittlich genreichen R-Banden zu finden. Alu-Sequenzen werden durch die RNA-Polymerase III transkribiert, jedoch nicht translatiert, es werden also RNAs gebildet, diese jedoch nicht in Proteine übersetzt.

Die Sequenz wurde 1978 von Catherine M. Houck und ihren Kollegen im Menschen entdeckt. Sie wurde nach dem Restriktionsenzym AluI (aus Arthrobacter luteus) benannt, weil es diesen Abschnitt in zwei Teile auftrennt. Es entsteht ein 170-bp- und ein 130-bp-Element.

Verteilung von Alu-Sequenzen (grün) im menschlichen Genom. Diese Sequenzen sind in genreichen Abschnitten der Chromosomen besonders häufig. DNA ist rot eingefärbt, so dass auch genarme Regionen sichtbar sind.

Aufbau Bearbeiten

Aufbau der DNA Bearbeiten

Alu-Sequenzen sind intern dupliziert, das bedeutet, sie besitzen einen 5'-Teil und einen 3'-Teil, die miteinander verwandt (homolog) sind. Dabei beinhaltet der 3'-Teil eine zusätzliche 31 bp lange Sequenz. Jedes Monomer endet stets mit einer an Adenin-Nukleotiden reichen Sequenz. Im 5'-Teil sind 2 Motive zu finden (A-Box und B-Box), die einen RNA-Polymerase-III-Promotor darstellen. Der 3'-Hälfte fehlt die B-Box hat somit keinen Promotor.

Alu-Sequenzen sind im Genom stets von zwei kurzen (7–20 bp) gleich aufgebauten und gleichgerichteten Sequenzen umgeben (direct repeats). Dies wird als Zeichen dafür gewertet, dass sie noch transponibel sind, also durch Retroposition im Genom vervielfältigt werden können.

Struktur der Alu-RNA Bearbeiten

Durch den dimeren Aufbau der DNA ergeben sich bei der RNA ebenfalls zwei ähnlich aufgebaute Strukturen, die durch die adeninreiche Sequenz des 5'-Teils voneinander getrennt sind. In jedem Monomer bilden die RNA-Einzelstränge mit sich selbst Doppelstränge aus, die dann Haarnadel-Formen bilden (hair pin), nicht passende Paarungen bilden hingegen Schlaufen (loops) aus. Jedes Monomer bildet am 5'-Ende eine konservierte Region aus, in der die Basen sich zwischen verschiedenen Kopien und auch Arten nur minimal unterscheiden. Das 3'-Ende eines jeden Monomers ist hingegen variabel.

Evolution Bearbeiten

Alu-Sequenzen sind Dimere, bestehen also aus zwei sehr ähnlich aufgebauten Einheiten. Die Monomere sind wiederum homolog zu einem Gen für die 7SL-RNA, haben jedoch eine 141 bp lange Deletion im Vergleich zu diesen.

Die 5'-Einheit am Anfang stammt aus einer Monomer-Familie, die als FLAM (free left alu monomer) bezeichnet wird, die 3'-Einheit aus der FRAM-Familie (free right alu monomer). Bei Nagetieren (B1-Element) und Spitzhörnchen (Tu type II SINE) kommen SINEs vor, die sich von einem Gen für die 7SL-RNA ableiten lassen. Diese sind jedoch stets Monomere und lassen sich von einem gemeinsamen Vorfahren mit der FLAM-Familie ableiten. Die FRAM-Familie findet sich nur in Primaten.

Alu-verwandte Sequenzen wurden auch im Bereich viraler Tyrosinkinase-Src-mRNA (v-Src mRNA) entdeckt. Daher ist deren Verbreitung möglicherweise nicht auf Vertebraten beschränkt.

Funktion Bearbeiten

Neuere Untersuchungen weisen darauf hin, dass Alu-RNAs unter Hitzeschock-Einfluss an die mRNA-produzierende RNA-Polymerase II und an Promotor-Regionen für proteincodierende Gene binden und somit die Transkription hemmen.

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. ↑ J. O. Kriegs, G. Churakov, J. Jurka, J. Brosius & J. Schmitz. Evolutionary history of 7SL RNA-derived SINEs in Supraprimates In: Trends in Genetics 23(4)/2007, S. 158–161 doi:10.1016/j.tig.2007.02.002
  2. M. A. Batzer and P. L. Deininger. Alu Repeats and Human Genomic Diversity. Nature Reviews Genetics 3: 370-9 (May 2002)
  3. ↑ P. D. Mariner, R. D. Walters, Ce. A. Espinoza, L. F. Drullinger, S. D. Wagner, J. F. Kugel & J. A. Goodrich: Human Alu RNA is a modular transacting repressor of mRNA transcription during heat shock In: Molecular Cell 29/29. Februar 2008, S. 499–509
  4. C. M. Houck, F. P. Rinehart, C. W. Schmid. A ubiquitous family of repeated DNA sequences in the humane genome in: J. Mol. Biol. 132: 289-306 (1979), doi:10.1016/0022-2836(79)90261-4
  5. C. W. Schmid & W. R. Jelinek: The Alu family of dispersed repetitive sequences In: Science 216/4. Juni 1982, S. 1065–1070
  6. Y. Quentin: Fusion of a free left Alu monomer and a free right Alu monomer at the origin of the Alu family in the primate genomes. In: Nucleic Acids Research 20(3)/1992, S. 487–493
  7. Y. Quentin: Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements. In: Nucleic Acids Research 20(13)/1992, S. 3397–3401
  8. Czernilofsky, AP. et al. (1980): Nucleotide sequence of an avian sarcoma virus oncogene (src) and proposed amino acid sequence for gene product. In: Nature 287(5779); 198-203; PMID 6253794; doi:10.1038/287198a0
  9. C. W. Schmid, W. R. Jelinek (1982): The Alu family of dispersed repetitive sequences. In: Science 216(4550); 1065-1070; PMID 6281889; doi:10.1126/science.6281889

Weblinks Bearbeiten

wikipedia, wiki, deutsches, deutschland, buch, bücher, bibliothek artikel lesen, herunterladen kostenlos kostenloser herunterladen, MP3, Video, MP4, 3GP, JPG, JPEG, GIF, PNG, Bild, Musik, Lied, Film, Buch, Spiel, Spiele
Veröffentlichungsdatum:
Alu Sequenzen sind eine Familie repetitiver sich wiederholender DNA Sequenzen in Genomen von Primaten 1 Sie gehoren zu den short interspersed nucleotide elements dt kurze verteilte Nukleotidelemente abgekurzt SINEs Alu Sequenzen sind jeweils circa 300 Basenpaare bp lang machen jedoch uber 10 des menschlichen Genoms aus 2 das entspricht einer Kopienanzahl von uber 1 Million Sie sind besonders haufig in den uberdurchschnittlich genreichen R Banden zu finden Alu Sequenzen werden durch die RNA Polymerase III transkribiert jedoch nicht translatiert es werden also RNAs gebildet diese jedoch nicht in Proteine ubersetzt 3 Die Sequenz wurde 1978 von Catherine M Houck und ihren Kollegen im Menschen entdeckt 4 Sie wurde nach dem Restriktionsenzym AluI aus Arthrobacter luteus benannt weil es diesen Abschnitt in zwei Teile auftrennt Es entsteht ein 170 bp und ein 130 bp Element Verteilung von Alu Sequenzen grun im menschlichen Genom Diese Sequenzen sind in genreichen Abschnitten der Chromosomen besonders haufig DNA ist rot eingefarbt so dass auch genarme Regionen sichtbar sind Inhaltsverzeichnis 1 Aufbau 1 1 Aufbau der DNA 1 2 Struktur der Alu RNA 2 Evolution 3 Funktion 4 Einzelnachweise 5 WeblinksAufbau BearbeitenAufbau der DNA Bearbeiten Alu Sequenzen sind intern dupliziert das bedeutet sie besitzen einen 5 Teil und einen 3 Teil die miteinander verwandt homolog sind Dabei beinhaltet der 3 Teil eine zusatzliche 31 bp lange Sequenz Jedes Monomer endet stets mit einer an Adenin Nukleotiden reichen Sequenz Im 5 Teil sind 2 Motive zu finden A Box und B Box die einen RNA Polymerase III Promotor darstellen Der 3 Halfte fehlt die B Box hat somit keinen Promotor Alu Sequenzen sind im Genom stets von zwei kurzen 7 20 bp gleich aufgebauten und gleichgerichteten Sequenzen umgeben direct repeats Dies wird als Zeichen dafur gewertet dass sie noch transponibel sind also durch Retroposition im Genom vervielfaltigt werden konnen 5 Struktur der Alu RNA Bearbeiten Durch den dimeren Aufbau der DNA ergeben sich bei der RNA ebenfalls zwei ahnlich aufgebaute Strukturen die durch die adeninreiche Sequenz des 5 Teils voneinander getrennt sind In jedem Monomer bilden die RNA Einzelstrange mit sich selbst Doppelstrange aus die dann Haarnadel Formen bilden hair pin nicht passende Paarungen bilden hingegen Schlaufen loops aus Jedes Monomer bildet am 5 Ende eine konservierte Region aus in der die Basen sich zwischen verschiedenen Kopien und auch Arten nur minimal unterscheiden Das 3 Ende eines jeden Monomers ist hingegen variabel 3 Evolution BearbeitenAlu Sequenzen sind Dimere bestehen also aus zwei sehr ahnlich aufgebauten Einheiten Die Monomere sind wiederum homolog zu einem Gen fur die 7SL RNA haben jedoch eine 141 bp lange Deletion im Vergleich zu diesen Die 5 Einheit am Anfang stammt aus einer Monomer Familie die als FLAM free left alu monomer bezeichnet wird die 3 Einheit aus der FRAM Familie free right alu monomer 6 7 Bei Nagetieren B1 Element und Spitzhornchen Tu type II SINE kommen SINEs vor die sich von einem Gen fur die 7SL RNA ableiten lassen Diese sind jedoch stets Monomere und lassen sich von einem gemeinsamen Vorfahren mit der FLAM Familie ableiten Die FRAM Familie findet sich nur in Primaten 1 Alu verwandte Sequenzen wurden auch im Bereich viraler Tyrosinkinase Src mRNA v Src mRNA entdeckt 8 Daher ist deren Verbreitung moglicherweise nicht auf Vertebraten beschrankt 9 Funktion BearbeitenNeuere Untersuchungen 3 weisen darauf hin dass Alu RNAs unter Hitzeschock Einfluss an die mRNA produzierende RNA Polymerase II und an Promotor Regionen fur proteincodierende Gene binden und somit die Transkription hemmen Einzelnachweise Bearbeiten a b J O Kriegs G Churakov J Jurka J Brosius amp J Schmitz Evolutionary history of 7SL RNA derived SINEs in Supraprimates In Trends in Genetics 23 4 2007 S 158 161 doi 10 1016 j tig 2007 02 002 M A Batzer and P L Deininger Alu Repeats and Human Genomic Diversity Nature Reviews Genetics 3 370 9 May 2002 a b c P D Mariner R D Walters Ce A Espinoza L F Drullinger S D Wagner J F Kugel amp J A Goodrich Human Alu RNA is a modular transacting repressor of mRNA transcription during heat shock In Molecular Cell 29 29 Februar 2008 S 499 509 C M Houck F P Rinehart C W Schmid A ubiquitous family of repeated DNA sequences in the humane genome in J Mol Biol 132 289 306 1979 doi 10 1016 0022 2836 79 90261 4 C W Schmid amp W R Jelinek The Alu family of dispersed repetitive sequences In Science 216 4 Juni 1982 S 1065 1070 Y Quentin Fusion of a free left Alu monomer and a free right Alu monomer at the origin of the Alu family in the primate genomes In Nucleic Acids Research 20 3 1992 S 487 493 Y Quentin Origin of the Alu family a family of Alu like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements In Nucleic Acids Research 20 13 1992 S 3397 3401 Czernilofsky AP et al 1980 Nucleotide sequence of an avian sarcoma virus oncogene src and proposed amino acid sequence for gene product In Nature 287 5779 198 203 PMID 6253794 doi 10 1038 287198a0 C W Schmid W R Jelinek 1982 The Alu family of dispersed repetitive sequences In Science 216 4550 1065 1070 PMID 6281889 doi 10 1126 science 6281889Weblinks BearbeitenAnimation wie Alu Sequenzen springen englisch Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Alu Sequenz amp oldid 217332819