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Deutsches Netzwerk fur Bioinformatik Infrastruktur de NBI ist ein nationales akademisches Netzwerk welches Serviceleistungen im Bereich Bioinformatik fur die Lebenswissenschaften und Biomedizin in Deutschland und Europa anbietet Finanziert wurde de NBI von 2015 bis 2021 durch das Bundesministerium fur Bildung und Forschung BMBF Ab 2022 ist das Forschungszentrum Julich mit der dauerhaften Weiterfuhrung des Netzwerks beauftragt 1 Die de NBI Partner organisieren Schulungsveranstaltungen Kurse und Sommerschulen zu Software Tools sowie Standards und bieten Rechenkapazitat in Form einer Cloud an um Forscher dabei zu unterstutzen ihre Daten effektiver zu nutzen 2 de NBI Deutsches Netzwerk fur Bioinformatik InfrastrukturKategorie BioinformatikTrager Forschungszentrum JulichStandort der Einrichtung Bielefeld Berlin Bochum Borstel Braunschweig Bremen Dortmund Dresden Freiburg im Breisgau Gatersleben Giessen Halle Saale Hamburg Heidelberg Jena Julich Konstanz Leipzig Magdeburg Munchen Rostock Saarbrucken TubingenLeitung Alfred Puhler bis 2021Mitarbeiter 250Homepage www denbi de Inhaltsverzeichnis 1 Entstehung 2 Organisation 3 Bioinformatik Ressourcen 3 1 Datenbanken 3 2 Werkzeuge 3 3 Hardware 4 Training 4 1 de NBI Sommerschulen 4 2 Zusatzliche de NBI Kurse 5 Industrieforum 6 Weblinks 7 EinzelnachweiseEntstehung BearbeitenDas Bundesministerium fur Bildung und Forschung BMBF veroffentlichte im Mai 2013 Forderrichtlinien fur ein Deutsches Netzwerk fur Bioinformatik Infrastruktur de NBI Ziel dieser Bekanntmachung war es in Deutschland eine Infrastruktur aufzubauen die mithilfe von Bioinformatikservices und schulungen Losungen fur das Big Data Problem in den Lebenswissenschaften bietet de NBI wurde vom BMBF im Marz 2015 gestartet Im November 2015 wurde eine zweite Ankundigung von Forderrichtlinien fur Partnerprojekte von de NBI veroffentlicht die im November 2016 ihre Arbeit aufnahmen 2 Im August 2016 trat Deutschland dem europaischen Bioinformatik Forschungsnetzwerk ELIXIR bei Seitdem wird der Deutsche ELIXIR Knoten ELIXIR DE von de NBI Partnern betrieben 3 4 5 Der erste de NBI Koordinator war bis 2021 Alfred Puhler Der deutsche ELIXIR Knoten wird seit dem 1 Juni 2020 von Andreas Tauch geleitet 6 Organisation BearbeitenDas de NBI Netzwerk aus acht miteinander verbundenen Zentren und einer Koordinationseinheit zu denen fast 40 Forschungs Dienstleistungs und Infrastrukturgruppen mit etwa 250 Bioinformatikern gehoren 7 Daruber hinaus besteht die Moglichkeit eine assoziierte Partnerschaft innerhalb von de NBI als Service und Trainingspartner oder nur als Trainingspartner zu beantragen Im Folgenden sind die acht de NBI Zentren sowie die assoziierten Service und Trainingspartner und assoziierten Trainingspartner aufgefuhrt Heidelberg Center for Human Bioinformatics HD HuB Mitglieder Das Deutsche Krebsforschungszentrum DKFZ Forschungsgruppen Boutros Brors Buchhalter Europaisches Laboratorium fur Molekularbiologie EMBL Forschungsgruppen Bork Huber Korbel Ruprecht Karls Universitat Heidelberg Forschungsgruppen Rohr Russell Erfle Charite Berlin Forschergruppen Eils Ishaque und Universitat des Saarlandes Forschungsgruppe Walter Themen Human Bioinformatik z B Exome Genomics Transcriptomics Metagenomics Phanotypisierung Bioimaging Epigenetik und Cloud Computing Assoziierter Partner Abteilung fur Computational Genomics and System Genetics Dr Oliver Stegle DKFZ Institute for Computational Biomedicine Prof Dr Julio Saez Rodriguez Universitat Heidelberg Bielefeld Giessen Resource Center for Microbial Bioinformatics BiGi Mitglieder Universitat Bielefeld Justus Liebig Universitat Giessen und Otto von Guericke Universitat Magdeburg Themen Mikrobielle Bioinformatik z B Genomics Transcriptomics Metagenomics Proteomics Metaproteomics Metabolomics und Cloud Computing Bioinformatics for Proteomics BioInfra Prot 8 Mitglieder Ruhr Universitat Bochum Forschungseinheit Medical Bioinformatics des Medizinischen Proteom Centers Leibniz Institut fur Analytische Wissenschaften ISAS e V Dortmund Abteilung fur Bioanalytik Forschungszentrum Borstel und Max Planck Institut fur molekulare Zellbiologie und Genetik Dresden Themen Proteomik und Lipidomik Center for integrative Bioinformatics CIBI Mitglieder Freie Universitat Berlin Eberhard Karls Universitat Tubingen Universitat Konstanz Leibniz Institut fur Pflanzenbiochemie Halle Saale und Max Planck Institut fur Molekulare Zellbiologie und Genetik Dresden Themen Bioinformatik Workflow Managementsystem z B fur Genomics Proteomics Metabolomics Bioimaging Deep Learning und Machine Learning RNA Bioinformatics Center RBC Mitglieder Albert Ludwigs Universitat Freiburg Universitat Leipzig Max Delbruck Zentrum fur Molekulare Medizin in der Helmholtz Gemeinschaft Berlin Leibniz Institut fur Alternsforschung Jena und Universitat Rostock Themen RNA Bioinformatik z B Transkriptomanalyse RNA Strukturanalyse Vorhersage von ncRNA Bindestellen Definition und Klassifizierung von RNA Transkripten und Analyse der Protein RNA Interaktion German Crop BioGreenformatics Network GCBN Mitglieder Leibniz Institut fur Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung Gatersleben IPK BIT Uwe Scholz Helmholtz Zentrum Munchen HMGU PGSB Klaus Mayer und Forschungszentrum Julich FZJ IBG 2 Plant Sciences Bjorn Usadel Themen Pflanzen Bioinformatik z B Genomics Genomannotation Phanotypisierung Pflanzendatenbanken Center for Biological Data BioData Mitglieder Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen DSMZ Technische Universitat Braunschweig Jacobs University Bremen Universitat Bremen Universitat Hamburg Themen Datenbanken de NBI Systems Biology Service Center de NBI SysBio Mitglieder Heidelberger Institut fur Theoretische Studien Universitat Heidelberg Universitat Rostock und Max Planck Institut fur Dynamik komplexer technischer Systeme in Magdeburg Themen Systembiologie und Datenmanagement Assoziierte Service und Trainingspartner Universitat Kiel Universitat Jena Deutsches Krebsforschungszentrum EMBL Heidelberg Robert Koch Institut Werningerode ZB MED Informationszentrum Lebenswissenschaften Universitat Heidelberg Bundesanstalt fur Materialforschung und prufung Themen Metabolomik Phylogenetik Bioinformatik des Menschen Genomik fur Eukaryoten Metaproteomik Einzelzellanalyse Assoziierte Trainingspartner Universitatsklinikum Hamburg Eppendorf Universitat Tubingen Themen Next Generation Sequencing Linux Skriptsprachen 16S rRNA Amplicon AnalysenBioinformatik Ressourcen BearbeitenDas de NBI Netzwerk bietet ein breites Portfolio an Ressourcen fur die deutsche und internationale Gemeinschaft der Lebenswissenschaften Dazu gehoren hauptsachlich Datenbanken bioinformatische Software und Bereitstellung von Rechenkapazitat durch ein Verbund Cloud System Datenbanken Bearbeiten de NBI entwickelt und pflegt die funf grossen Datenbanken SILVA 9 PANGAEA 10 BacDive 11 ProteinsPlus 12 und BRENDA 13 Diese Datenbanken bieten Zugang zu ribosomalen RNA Genen aus allen drei Domanen Bereichen des Lebens SILVA georeferenzierten Daten aus der Erdsystemforschung PANGAEA stammbezogene Informationen zur Biodiversitat von Bakterien und Archaen BacDive Proteinstrukturen ProteinsPlus und umfassende Enzyminformation BRENDA Werkzeuge Bearbeiten de NBI entwickelt und liefert etwa 100 bioinformatische Programme fur die deutsche und globale Lebenswissenschaftler Gemeinschaft z B Galaxy Computational Biology useGalaxy eu Workflow Engine fur alle Freiburger RNA Tools 14 EDGAR Vergleichende Genomanalyse Plattform 15 KNIME Workflow Engine 16 OpenMS Open Source C Bibliothek fur LC MS Datenmanagement und analysen 17 SeqAN Open Source C Bibliothek fur effiziente Algorithmen und Datenstrukturen 18 PIA Toolbox fur MS basierte Proteininferenz und Identifizierungsanalyse 19 Fiji Software Bildverarbeitungspaket MetFrag in silico Fragmenter kombiniert Komponenten Datenbanksuche und Fragmentierungsvorhersage fur die Identifizierung kleiner Molekule aus Tandem Massenspektrometriedaten 20 COPASI Open Source Softwareanwendung zur Erstellung und Losung mathematischer Modelle biologischer Prozesse 21 SIAMCAT Framework fur die statistische Inferenz von Assoziationen zwischen mikrobiellen Gemeinschaften und Wirtsphanotypen e DAL PGP Open Source Framework zur Veroffentlichung und gemeinsamen Nutzung von Forschungsdaten MGX Metagenom Analyse 22 ASA P automatische WGS Analyse bakterieller Kohorten 23 Bakta Annotation bakterieller Genome und Plasmide 24 und viele mehr Die de NBI Tools sind auch in der ELIXIR Tools und Data Services Registry registriert und durchsuchbar welche weitere Informationen in einem standardisierten Format bereitstellt Hardware Bearbeiten de NBI entwickelt und betreibt seit 2016 ein Verbund Cloud System de NBI Cloud 25 Die Cloud wird in einem Kollaborationsprojekt der Universitaten Bielefeld Freiburg Giessen Heidelberg Tubingen und Charite Berlin bereitgestellt Das gesamte System ist uber das zentrale de NBI Cloud Portal uber Single Sign On SSO zuganglich und basiert auf der ELIXIR Authentifizierungs und Autorisierungsinfrastruktur ELIXIR AAI Die de NBI Cloud umfasst mehr als 56 000 Rechenkerne und 80 Petabyte Speicherkapazitat Stand November 2021 Training BearbeitenVerschiedene Arten von Schulungsaktivitaten werden von de NBI unterstutzt und organisiert Die de NBI Sommerschulen bieten Schulungen fur Studierende Doktoranden und Post Doktoranden zu spezifischen Themen an die sich auf ein oder mehrere de NBI Zentren beziehen Ferner organisieren die Zentren spezifische Schulungen fur die angebotene bioinformatische Software Diese Schulungen finden bei bestehenden Konferenzen statt oder werden unabhangig von diesen organisiert Daruber hinaus wurden im Jahr 2016 Online Schulungen auf der Website von de NBI eingefuhrt Seit 2017 werden Online Hackathons fur verschiedene Softwarepakete und Webinare von allen den Zentren angeboten Das de NBI Schulungsprogramm begann 2015 mit 17 f2f Schulungen und 329 Teilnehmern die kontinuierlich auf 79 Kurse mit 1 586 Teilnehmern im Jahr 2019 anstiegen Im Jahr 2020 und 2021 wurde die praktische Durchfuhrung der Schulungen durch die COVID 19 Pandemie erheblich beeintrachtigt aber durch die Entwicklung von Online Schulungen und Materialien 40 Kurse mit 1 149 Teilnehmern in 2020 konnten im Jahr 2021 2 128 Schulungsteilnehmern in 49 Kursen weitergebildet werden Insgesamt wurden bisher 9 076 Wissenschaftler in 371 Kursen durch unser Bioinformatik Netzwerk geschult Stand Januar 2022 26 de NBI Sommerschulen Bearbeiten September 2015 Die erste de NBI Sommerschule wurde von den Servicezentren BiGi RBC und de NBI SysBio organisiert Diese de NBI Sommerschule konzentrierte sich auf die Ablaufe von der Genomassemblierung bis zur Genom und Transkriptomanalyse 27 September 2016 Die zweite de NBI Sommerschule wurde von BioInfraProt CIBI und BiGi in Dagstuhl organisiert und konzentrierte sich auf das Feld der Proteomik und die Analyse von Massenspektrometriedaten 28 Juni 2017 de NBI Sommerschule Cloud Computing for Bioinformatics wurde von den Standorten der de NBI Cloud an den Servicezentren BIGI HD HuB und CIBI sowie von BioInfra Prot Ina Giessen durchgefuhrt 29 September 2017 Die de NBI Sommerschule Computational Genomics and RNA Biology in Berlin wurde von allen RBC Partnern organisiert 30 Marz 2018 Eine de NBI Winterschule zum Thema Computergestutzte Metabolomik wurde vom Zentrum CIBI in Lutherstadt Wittenberg durchgefuhrt 31 September 2018 Die Sommerschule 2018 zum Thema Riding the Data Life Cycle wurde von den Zentren BioData GCBN und de NBI SysBio organisiert 32 September 2019 Die de NBI Sommerschule 2019 wurde von den Servicecentern GCBN BioData de NBI SysBio und BioInfra Prot organisiert und fand in Gatersleben statt Das Thema handelte von Bio Data Science 33 September 2021 Die erste Sommerschule 2021 Analyse und Integration von Massenspektrometriedaten in der Proteomik Metabolomik and Lipidomik wurde von den Servicezentren BioInfra Prot CIBI und de NBI SysBio als virtuelle Sommerschule durchgefuhrt 34 Oktober 2021 Die zweite Sommerschule 2021 mit dem Thema Analyse mikrobieller Gemeinschaften wurde von den Servicezentren BiGi und HD HuB organisiert und fand virtuell statt 35 Zusatzliche de NBI Kurse Bearbeiten Fur Schuler mit Interesse an Bioinformatik bietet die von de NBI unterstutzte Sommerschule BioBYTE an der Universitat Halle eine ideale Moglichkeit die Vielfalt der Bioinformatik kennenzulernen 36 Industrieforum BearbeitenDas de NBI Industrieforum bietet Industrieunternehmen Hilfestellung bei der Losung bioinformatischer Fragestellungen Das Forum richtet sich an Unternehmen die in der Industriellen Biotechnologie tatig sind sowie an Biodaten und Softwareunternehmen die mit Daten und Werkzeugen in den Lebenswissenschaften arbeiten Die Mitglieder des de NBI Industrieforums erhalten Zugang zu Schulungen und werden uber die Entwicklungen im Netzwerk informiert Das de NBI Industrieforum bietet auch eine Plattform zur Vernetzung von Industrie und Wissenschaft Weblinks BearbeitenOffizielle WebseiteEinzelnachweise Bearbeiten Puhler A Verstetigung des de NBI Netzwerks In Biologie in unserer Zeit Nr 51 3 2021 doi 10 11576 biuz 4634 a b Arwa Al Dilaimi Andreas Tauch Bioinformatics in Germany toward a national level infrastructure In Briefings in Bioinformatics 18 April 2017 doi 10 1093 bib bbx040 ELIXIR Board meeting 2016 Spring session ELIXIR Abgerufen am 12 Februar 2019 Germany joins ELIXIR ELIXIR Abgerufen am 12 Februar 2019 ELIXIR Nodes ELIXIR Abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI de NBI Quarterly Newsletter Issue 2 20 de NBI 29 Mai 2020 abgerufen am 15 Juni 2020 englisch de NBI Netzwerk fur Bioinformatik Infrastruktur wird weiter ausgebaut Gesundheitsindustrie BW Abgerufen am 12 Februar 2019 Michael Turewicz Michael Kohl Maike Ahrens Gerhard Mayer Julian Uszkoreit BioInfra Prot A comprehensive proteomics workflow including data standardization protein inference expression analysis and data publication In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 116 125 doi 10 1016 j jbiotec 2017 06 005 PMID 28606611 Frank Oliver Glockner Pelin Yilmaz Christian Quast Jan Gerken Alan Beccati 25 years of serving the community with ribosomal RNA gene reference databases and tools In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 169 176 doi 10 1016 j jbiotec 2017 06 1198 PMID 28648396 Michael Diepenbroek Uwe Schindler Robert Huber Stephane Pesant Markus Stocker Terminology supported archiving and publication of environmental science data in PANGAEA In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 177 186 doi 10 1016 j jbiotec 2017 07 016 PMID 28743591 Lorenz C Reimer Carola Sohngen Anna Vetcininova Jorg Overmann Mobilization and integration of bacterial phenotypic data Enabling next generation biodiversity analysis through the BacDive metadatabase In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 187 193 doi 10 1016 j jbiotec 2017 05 004 PMID 28487186 Stefan Bietz Therese Inhester Florian Lauck Kai Sommer Mathias M von Behren From cheminformatics to structure based design Web services and desktop applications based on the NAOMI library In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 207 214 doi 10 1016 j jbiotec 2017 06 004 PMID 28610996 I Schomburg L Jeske M Ulbrich S Placzek A Chang The BRENDA enzyme information system From a database to an expert system In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 194 206 doi 10 1016 j jbiotec 2017 04 020 PMID 28438579 Rolf Backofen Jan Engelhardt Anika Erxleben Jorg Fallmann Bjorn Gruning RNA bioinformatics Tools services and databases for the analysis of RNA based regulation In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 76 84 doi 10 1016 j jbiotec 2017 05 019 PMID 28554830 J Yu J Blom S P Glaeser S Jaenicke T Juhre A review of bioinformatics platforms for comparative genomics Recent developments of the EDGAR 2 0 platform and its utility for taxonomic and phylogenetic studies In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 2 9 doi 10 1016 j jbiotec 2017 07 010 PMID 28705636 Alexander Fillbrunn Christian Dietz Julianus Pfeuffer Rene Rahn Gregory A Landrum KNIME for reproducible cross domain analysis of life science data In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 149 156 doi 10 1016 j jbiotec 2017 07 028 PMID 28757290 Julianus Pfeuffer Timo Sachsenberg Oliver Alka Mathias Walzer Alexander Fillbrunn OpenMS A platform for reproducible analysis of mass spectrometry data In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 142 148 doi 10 1016 j jbiotec 2017 05 016 PMID 28559010 Knut Reinert Temesgen Hailemariam Dadi Marcel Ehrhardt Hannes Hauswedell Svenja Mehringer The SeqAn C template library for efficient sequence analysis A resource for programmers In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 157 168 doi 10 1016 j jbiotec 2017 07 017 PMID 28888961 Michael Turewicz Michael Kohl Maike Ahrens Gerhard Mayer Julian Uszkoreit BioInfra Prot A comprehensive proteomics workflow including data standardization protein inference expression analysis and data publication In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 116 125 doi 10 1016 j jbiotec 2017 06 005 PMID 28606611 Rene Meier Christoph Ruttkies Hendrik Treutler Steffen Neumann Bioinformatics can boost metabolomics research In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 137 141 doi 10 1016 j jbiotec 2017 05 018 PMID 28554829 Frank T Bergmann Stefan Hoops Brian Klahn Ursula Kummer Pedro Mendes COPASI and its applications in biotechnology In Journal of Biotechnology Band 261 10 November 2017 ISSN 1873 4863 S 215 220 doi 10 1016 j jbiotec 2017 06 1200 PMID 28655634 PMC 5623632 freier Volltext Sebastian Jaenicke Stefan P Albaum Patrick Blumenkamp Burkhard Linke Jens Stoye Flexible metagenome analysis using the MGX framework In Microbiome Band 6 Nr 1 2018 ISSN 2049 2618 S 76 doi 10 1186 s40168 018 0460 1 PMID 29690922 PMC 5937802 freier Volltext Oliver Schwengers Andreas Hoek Moritz Fritzenwanker Linda Falgenhauer Torsten Hain ASA3P An automatic and scalable pipeline for the assembly annotation and higher level analysis of closely related bacterial isolates In PLOS Computational Biology Band 16 Nr 3 5 Marz 2020 ISSN 1553 7358 S e1007134 doi 10 1371 journal pcbi 1007134 PMID 32134915 PMC 7077848 freier Volltext plos org abgerufen am 17 November 2021 Oliver Schwengers Lukas Jelonek Marius Alfred Dieckmann Sebastian Beyvers Jochen Blom Bakta rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment free sequence identification In Microbial Genomics Band 7 Nr 11 5 November 2021 ISSN 2057 5858 S 000685 doi 10 1099 mgen 0 000685 PMID 34739369 PMC 8743544 freier Volltext microbiologyresearch org abgerufen am 14 Oktober 2022 Abhinav Nellore Ben Langmead Cloud computing for genomic data analysis and collaboration In Nature Reviews Genetics Band 19 Nr 4 April 2018 ISSN 1471 0064 S 208 219 doi 10 1038 nrg 2017 113 nature com abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI de NBI Quarterly Newsletter 01 22 de NBI Geschaftsstelle 24 Februar 2022 abgerufen am 16 Marz 2022 englisch de NBI Sommerschule 2015 de NBI abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI Sommerschule 2016 Abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI Cloud Sommerschule 2017 Abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI Sommerschule 2017 Abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI Winterschule 2018 Abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI Sommerschule 2018 Abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI Sommerschule 2019 Abgerufen am 12 Februar 2019 de NBI Summer School 2021 Mass Spectrometry Abgerufen am 16 Marz 2022 englisch de NBI Summer School 2021 Microbial Community Analysis Abgerufen am 16 Marz 2021 englisch Sommerschule fur neugierige Schulerinnen und Schuler die die Naturwissenschaft der Zukunft entdecken mochten Martin Luther Universitat Halle Wittenberg abgerufen am 3 Marz 2020 Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Deutsches Netzwerk fur Bioinformatik Infrastruktur de NBI amp oldid 230477849