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UniProt universal protein database ist die größte bioinformatische Datenbank für Proteine aller Lebewesen und Viren und

UniProt

UniProt (universal protein database) ist die größte bioinformatische Datenbank für Proteine aller Lebewesen und Viren, und enthält Informationen über die Proteinfunktion und -struktur sowie Links zu anderen themenrelevanten Datenbanken. Sie kombiniert die Daten von Swiss-Prot, TrEMBL und Protein Information Resource (PIR) und wird in einem regelmäßigen Rhythmus herausgegeben.

Zusammensetzung Bearbeiten

UniProt ist ein Konsortium, das sich 2002 aus folgenden Komponenten zusammengeschlossen hat:

Das EBI verfügt über eine große Quelle bioinformatischer Daten, das SIB beherbergt die Server des (ExPASy) (Expert Protein Analysis System), welche essentielle Informationen für die Proteomik bereitstellen. PIR, die von der National Biomedical Research Foundation (NBRF) betrieben wird, leitet sich von der ältesten Proteinsequenzdatenbank (Margaret Oakley Dayhoffs Atlas of Protein sequence and structure) ab.

Die UniProt-Datenbanken Bearbeiten

Jedes Mitglied des UniProt-Konsortiums „pflegt“ die Datenbanken. Bis vor kurzem produzierten EBI und SIB zusammen Swiss-Prot und TrEMBL. Das PIR stellte die Datenbank PIR-PSD (Protein Sequence Database) zur Verfügung.

Swiss-Prot ist wohl die bekannteste Proteindatenbank auf Grund ihrer ausführlichen Querverweise, Literaturzitate, der Integration anderer Datenbanken und ihrer minimalen Redundanz. TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) ist eine Computer-annotierte Ergänzung der Swiss-Prot-Datenbank, die alle Übersetzungen von EMBL-Nukleotid-Einträgen enthält, die noch nicht in Swiss-Prot integriert vorliegen. Dies ermöglicht eine schnelle Datenbereitstellung.

Organisation Bearbeiten

UniProt beinhaltet drei Elemente, die auf einen bestimmten Gebrauch spezialisiert sind:

  • Die UniProt Knowledgebase (UniProtKB) ist die zentrale Datenbank für Proteinsequenzen. Sie gibt Informationen über die Funktion und Klassifikationen der Proteine und stellt Querverweise her.
  • Das UniProt Archive (UniParc) speichert die Gesamtheit aller öffentlich erhältlichen Proteinsequenzdaten.
  • Die UniProt Reference Clusters (UniRef) sind Datenbanken, die dem Benutzer eine schnellere Suche ermöglichen, indem sie verhindern, dass redundante Verknüpfungen verfügbarer Sequenzen erscheinen. So werden unter anderem identische Sequenzen und Vor-Fragmente (von verschiedenen Organismen) in einer Dateneintragung kombiniert.

Weblinks Bearbeiten

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. The UniProt Consortium (2007): The Universal Protein Resource (UniProt). In: Nucleic Acids Res. Bd. 35, S. D193-D197. PMID 17142230 doi:10.1093/nar/gkl929
  2. UniProt-Hintergrundinformationen
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Veröffentlichungsdatum:
UniProt universal protein database ist die grosste bioinformatische Datenbank fur Proteine aller Lebewesen und Viren und enthalt Informationen uber die Proteinfunktion und struktur sowie Links zu anderen themenrelevanten Datenbanken 1 Sie kombiniert die Daten von Swiss Prot TrEMBL und Protein Information Resource PIR und wird in einem regelmassigen Rhythmus herausgegeben Inhaltsverzeichnis 1 Zusammensetzung 2 Die UniProt Datenbanken 3 Organisation 4 Weblinks 5 EinzelnachweiseZusammensetzung BearbeitenUniProt ist ein Konsortium das sich 2002 aus folgenden Komponenten zusammengeschlossen hat dem European Bioinformatics Institute EBI dem Swiss Institute of Bioinformatics SIB der Protein Information Resource PIR Das EBI verfugt uber eine grosse Quelle bioinformatischer Daten das SIB beherbergt die Server des ExPASy Expert Protein Analysis System welche essentielle Informationen fur die Proteomik bereitstellen PIR die von der National Biomedical Research Foundation NBRF betrieben wird leitet sich von der altesten Proteinsequenzdatenbank Margaret Oakley Dayhoffs Atlas of Protein sequence and structure ab Die UniProt Datenbanken BearbeitenJedes Mitglied des UniProt Konsortiums pflegt die Datenbanken Bis vor kurzem 2 produzierten EBI und SIB zusammen Swiss Prot und TrEMBL Das PIR stellte die Datenbank PIR PSD Protein Sequence Database zur Verfugung Swiss Prot ist wohl die bekannteste Proteindatenbank auf Grund ihrer ausfuhrlichen Querverweise Literaturzitate der Integration anderer Datenbanken und ihrer minimalen Redundanz TrEMBL Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library ist eine Computer annotierte Erganzung der Swiss Prot Datenbank die alle Ubersetzungen von EMBL Nukleotid Eintragen enthalt die noch nicht in Swiss Prot integriert vorliegen Dies ermoglicht eine schnelle Datenbereitstellung Organisation BearbeitenUniProt beinhaltet drei Elemente die auf einen bestimmten Gebrauch spezialisiert sind Die UniProt Knowledgebase UniProtKB ist die zentrale Datenbank fur Proteinsequenzen Sie gibt Informationen uber die Funktion und Klassifikationen der Proteine und stellt Querverweise her Das UniProt Archive UniParc speichert die Gesamtheit aller offentlich erhaltlichen Proteinsequenzdaten Die UniProt Reference Clusters UniRef sind Datenbanken die dem Benutzer eine schnellere Suche ermoglichen indem sie verhindern dass redundante Verknupfungen verfugbarer Sequenzen erscheinen So werden unter anderem identische Sequenzen und Vor Fragmente von verschiedenen Organismen in einer Dateneintragung kombiniert Weblinks BearbeitenUniProt Homepage UniProt HilfeseiteEinzelnachweise Bearbeiten The UniProt Consortium 2007 The Universal Protein Resource UniProt In Nucleic Acids Res Bd 35 S D193 D197 PMID 17142230 doi 10 1093 nar gkl929 UniProt Hintergrundinformationen Abgerufen von https de wikipedia org w index php title UniProt amp oldid 215877245