Netropsin

Netropsin ist ein Polyamid-Antibiotikum, das an die kleine Furche einer DNA-Doppelhelix bindet. Es wirkt gegen Gram-positive und Gram-negative Bakterien.

Strukturformel
Allgemeines
Name	Netropsin
Andere Namen	Nt Congocidin Sinanomycin
Summenformel	C18H26N10O3 · 2HCl
Kurzbeschreibung	gelber Feststoff
Externe Identifikatoren/Datenbanken
CAS-Nummer 1438-30-8 EG-Nummer (Listennummer) 634-294-2 ECHA-InfoCard 100.162.288 PubChem 4461 ChemSpider 4306 Wikidata Q3874969
Eigenschaften
Molare Masse	503,39 g·mol^−1
Aggregatzustand	fest
Schmelzpunkt	>300 °C
Sicherheitshinweise
GHS-Gefahrstoffkennzeichnung H- und P-Sätze H: 301 P: 301​‐​310
Soweit möglich und gebräuchlich, werden SI-Einheiten verwendet. Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei Standardbedingungen.

Eigenschaften

Netropsin an DNA gebunden. Aus PDB 101D.

Netropsin wurde erstmals 1951 durch A. C. Finlay beschrieben, der es aus dem Actinobakterium Streptomyces netropsis isoliert hatte. Netropsin gehört zur Klasse Pyrrol-Amidin-Antibiotika und ist ein Analogon von Distamycin und den Lexitropsinen. Es bindet bevorzugt AT-reiche DNA-Sequenzen doppelsträngiger DNA und Tetraden aus [TGGGGT]₄, nicht jedoch an einzelsträngige DNA oder RNA. Die Bindung von Netropsin führt zu einer engeren Windung von etwa 9° pro gebundenem Lexitropsin und Basenpaar. Bei einer positiven Superspiralisierung entspannt es daher die DNA, während es eine negative Superspiralisierung verstärkt. Der Bindungsmechanismus ist noch nicht vollständig geklärt. Verschiedene Distamycin-Derivate wurden entwickelt, um als Alkylanzien gegen Tumoren eingesetzt zu werden oder zur Fluoreszenzmarkierung von doppelsträngiger DNA.

Einzelnachweise

1. Datenblatt Netropsin dihydrochloride bei Sigma-Aldrich, abgerufen am 24. November 2013 (PDF).
2. M. P. Barrett, C. G. Gemmell, C. J. Suckling: Minor groove binders as anti-infective agents. In: Pharmacology & Therapeutics. Band 139, Nummer 1, Juli 2013, S. 12–23, doi:10.1016/j.pharmthera.2013.03.002. PMID 23507040.
3. C. Zimmer, U. Wähnert: Nonintercalating DNA-binding ligands: specificity of the interaction and their use as tools in biophysical, biochemical and biological investigations of the genetic material. In: Progress in biophysics and molecular biology. Band 47, Nummer 1, 1986, S. 31–112, PMID 2422697.
4. A.C. Finlay, F. A. Hochstein, B. A. Sobin, and F. X. Murphy, J. Am. Chem. Soc. 73 341–343 (1951). doi:10.1021/ja01145a113.
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6. M. L. Kopka, C. Yoon, D. Goodsell, P. Pjura, R. E. Dickerson: The molecular origin of DNA-drug specificity in netropsin and distamycin. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Band 82, Nummer 5, März 1985, S. 1376–1380, PMID 2983343. PMC 397264 (freier Volltext).
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14. T. Vaijayanthi, T. Bando, G. N. Pandian, H. Sugiyama: Progress and prospects of pyrrole-imidazole polyamide-fluorophore conjugates as sequence-selective DNA probes. In: ChemBioChem Band 13, Nummer 15, Oktober 2012, S. 2170–2185, doi:10.1002/cbic.201200451. PMID 23023993.

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