EcoRI ist ein Enzym aus der Familie der Nukleasen. Es war die erste Nuklease I aus dem Stamm R von Escherichia coli. Es findet insbesondere in der Molekularbiologie Anwendung als Restriktionsenzym. Das Enzym besteht aus einem Homodimer und schneidet doppelsträngige DNA innerhalb der palindromischen Erkennungssequenz unter Bildung eines 5'-Überhangs wie folgt:
| EcoRI | |
|---|---|
| Bändermodell mit DNA nach PDB 1QPS | |
| Vorhandene Strukturdaten: 1ckq, 1cl8, 1eri, 1qc9, 1qps, 1qrh, 1qri, 2oxv | |
| Masse/Länge Primärstruktur | 276 Aminosäuren |
| Sekundär- bis Quartärstruktur | Homodimer |
| Kofaktor | 2 Mg2+ |
| Bezeichner | |
| Externe IDs | |
| Enzymklassifikation | |
| EC, Kategorie | 3.1.21.4, Restriktionsenzym |
| Reaktionsart | Hydrolyse |
| Substrat | GAATTC (dDNA) |
| Vorkommen | |
| Homologie-Familie | ECOR1 |
| Übergeordnetes Taxon | Proteobakterien |
| Erkennungssequenz | Restriktionsschnitt |
|---|---|
5'-GAATTC-3' 3'-CTTAAG-5' | 5'-G AATTC-3' 3'-CTTAA G-5' |
Diese Ausbildung eines 4-Basen-Überhangs („sticky ends“) wird in der Molekularbiologie bei der erleichterten Ligation von DNA-Fragmenten ausgenutzt. Unter bestimmten Bedingungen zeigt EcoRI eine verminderte Selektivität für die Erkennungssequenz (Star-Aktivität).