Das Orchester Junge Philharmonie Salzburg wurde 1998 von der Dirigentin Elisabeth Fuchs gegründet und setzt sich aus jungen Musikern zusammen, die an der Universität Mozarteum Salzburg studieren oder studiert haben.
Das Orchester hat sich zur Aufgabe gesetzt, seinem Publikum neben Werken der Alten Musik, der Klassik und Romantik auch die zeitgenössische Musik nahezubringen und versucht daher in jedes seiner Konzerte zumindest einen Programmpunkt aus dem 20. und 21. Jahrhunderts einzubinden. Mehrere Werke zeitgenössischer Komponisten wurden von der Jungen Philharmonie zur Uraufführung gebracht.
Seit 2004 bietet die Junge Philharmonie eine eigene Abonnement-Konzertreihe mit jeweils 4 Konzerten pro Saison im Großen Saal des Mozarteums an. Am 25. August 2005 debütierte das Orchester bei den Salzburger Festspielen in der Felsenreitschule beim Stummfilm „Das Neue Babylon“ (1929) mit Dmitri Schostakowitschs Originalmusik. Im Rahmen des Projekts „Mozart 22“, der Aufführung sämtlicher Opern Mozarts bei den Salzburger Festspielen im Mozartjahr 2006, spielte das Orchester die Opern „Bastien und Bastienne“ und „Der Schauspieldirektor“ im Salzburger Marionettentheater.
Neben regelmäßigen Auftritten in Österreich gab die Junge Philharmonie auch mehrere Konzerte in Deutschland, Italien und Kroatien. Eine Konzerttournee im Jahr 2001 führte nach China mit Auftritten unter anderem in Peking und Shanghai.
2001 spaltete sich aus der Junge Philharmonie Salzburg die Philharmonie Salzburg ab, deren Leitung ebenfalls durch Elisabeth Fuchs erfolgt.