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Jmol ist ein Computerprogramm zur räumlichen Darstellung von Molekülen Es steht unter der GNU Lesser General Public Lice

Jmol

Jmol ist ein Computerprogramm zur räumlichen Darstellung von Molekülen. Es steht unter der GNU Lesser General Public License. Da es in Java programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig. Ein Java-Applet von Jmol findet bei der Darstellung von Molekülen im Webbrowser Verwendung. beispielsweise innerhalb der Protein Data Bank. Es implementiert und erweitert die Standards SMILES und SMARTS. Die Software bietet verschiedene Darstellungsmöglichkeiten, wie Stab-, Kugel-Stab- und Kalottenmodell, Punktwolke und Van-der-Waals-Oberfläche. Auch Kristallstrukturen lassen sich darstellen. Vieles kann in Jmol mit der Maus gesteuert werden, beispielsweise lassen sich die Moleküle um alle Raumachsen drehen und in der Größe verändern. Außerdem kann man Atomabstände und Winkel vermessen. Darüber hinaus verfügt Jmol über eine eigene Scriptsprache, die Syntaxelemente von RasMol und MDL Chime geerbt hat.

Weblinks Bearbeiten

Commons: Jmol – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. sourceforge.net.
  2. ↑ Angel Herraez: Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue. In: Biochemistry and Molecular Biology Education. Band 34, Nr. 4, 2006, ISSN 1470-8175, S. 255–261, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644.
  3. Egon Willighagen, Miguel Howard: Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D. In: Nature Precedings. 2007, ISSN 1756-0357, S. 1–1, doi:10.1038/npre.2007.50.1.
  4. Peter W. Rose, Bojan Beran, Chunxiao Bi, Wolfgang F. Bluhm, Dimitris Dimitropoulos, David S. Goodsell, Andreas Prlić, Martha Quesada, Gregory B. Quinn, John D. Westbrook, Jasmine Young, Benjamin Yukich, Christine Zardecki, Helen M. Berman, Philip E. Bourne: The RCSB Protein Data Bank: redesigned web site and web services. In: Nucleic Acids Research. Band 39, suppl_1, 2011, ISSN 0305-1048, S. D392–D401, doi:10.1093/nar/gkq1021.
  5. Vincent F. Scalfani, Antony J. Williams, Valery Tkachenko, Karen Karapetyan, Alexey Pshenichnov, Robert M. Hanson, Jahred M. Liddie, Jason E. Bara: Programmatic conversion of crystal structures into 3D printable files using Jmol. In: Journal of Cheminformatics. Band 8, Nr. 1, 2016, ISSN 1758-2946, S. 66, doi:10.1186/s13321-016-0181-z, PMID 27933103.
  6. R. M. Hanson: Jmol – a paradigm shift in crystallographic visualization. In: Journal of Applied Crystallography. Band 43, Nr. 5, 2010, ISSN 0021-8898, S. 1250–1260, doi:10.1107/S0021889810030256.
  7. Angel Herráez: How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures. Lulu.com, 2008, ISBN 978-1-84799-259-8, S. 9.
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Jmol ist ein Computerprogramm zur raumlichen Darstellung von Molekulen Es steht unter der GNU Lesser General Public License Da es in Java programmiert wurde ist es weitgehend plattformunabhangig 2 Ein Java Applet von Jmol findet bei der Darstellung von Molekulen im Webbrowser Verwendung 3 beispielsweise innerhalb der Protein Data Bank 4 Es implementiert und erweitert die Standards SMILES und SMARTS 5 Die Software bietet verschiedene Darstellungsmoglichkeiten wie Stab Kugel Stab und Kalottenmodell Punktwolke und Van der Waals Oberflache 2 Auch Kristallstrukturen lassen sich darstellen 6 Vieles kann in Jmol mit der Maus gesteuert werden beispielsweise lassen sich die Molekule um alle Raumachsen drehen und in der Grosse verandern Ausserdem kann man Atomabstande und Winkel vermessen Daruber hinaus verfugt Jmol uber eine eigene Scriptsprache die Syntaxelemente von RasMol und MDL Chime geerbt hat 7 JmolBasisdatenEntwickler Jmol Development TeamAktuelle Version 14 31 34 1 7 Marz 2021 Betriebssystem PlattformubergreifendProgrammiersprache JavaKategorie MolekulardesignLizenz GNU Lesser General Public Licensedeutschsprachig jajmol sourceforge netWeblinks Bearbeiten nbsp Commons Jmol Sammlung von Bildern Videos und Audiodateien wiki jmol orgEinzelnachweise Bearbeiten sourceforge net a b Angel Herraez Biomolecules in the Computer Jmol to the Rescue In Biochemistry and Molecular Biology Education Band 34 Nr 4 2006 ISSN 1470 8175 S 255 261 doi 10 1002 bmb 2006 494034042644 Egon Willighagen Miguel Howard Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D In Nature Precedings 2007 ISSN 1756 0357 S 1 1 doi 10 1038 npre 2007 50 1 Peter W Rose Bojan Beran Chunxiao Bi Wolfgang F Bluhm Dimitris Dimitropoulos David S Goodsell Andreas Prlic Martha Quesada Gregory B Quinn John D Westbrook Jasmine Young Benjamin Yukich Christine Zardecki Helen M Berman Philip E Bourne The RCSB Protein Data Bank redesigned web site and web services In Nucleic Acids Research Band 39 suppl 1 2011 ISSN 0305 1048 S D392 D401 doi 10 1093 nar gkq1021 Vincent F Scalfani Antony J Williams Valery Tkachenko Karen Karapetyan Alexey Pshenichnov Robert M Hanson Jahred M Liddie Jason E Bara Programmatic conversion of crystal structures into 3D printable files using Jmol In Journal of Cheminformatics Band 8 Nr 1 2016 ISSN 1758 2946 S 66 doi 10 1186 s13321 016 0181 z PMID 27933103 R M Hanson Jmol a paradigm shift in crystallographic visualization In Journal of Applied Crystallography Band 43 Nr 5 2010 ISSN 0021 8898 S 1250 1260 doi 10 1107 S0021889810030256 Angel Herraez How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures Lulu com 2008 ISBN 978 1 84799 259 8 S 9 Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Jmol amp oldid 237190849