Die Finals des UEFA Intertoto Cups 1998 wurden von FC Valencia, Werder Bremen und dem FC Bologna gewonnen. Diese Mannschaften konnten sich somit für den UEFA-Pokal 1998/99 qualifizieren.
1. Runde Bearbeiten
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| Ethnikos Achnas | 2:5 | Örgryte IS | 2:1 | 0:4 |
| FC Dnepr-Transmash | 2:10 | Debreceni VSC | 2:4 | 0:6 |
| Leiftur Ólafsfjörður | 0:6 | Worskla Poltawa | 0:31 | 0:3 |
| FC Naţional Bukarest | 5:2 | Hapoel Haifa | 3:1 | 2:1 |
| Baltika Kaliningrad | 5:1 | Spartak Warna | 4:0 | 1:1 |
| Stabæk Fotball | 3:5 | FK Vojvodina Novi Sad | 1:2 | 2:3 |
| VB Vágur | 1:6 | FC Boby Brünn | 0:3 | 1:3 |
| FC St. Gallen | 9:3 | JK Tulevik Viljandi | 3:2 | 6:1 |
| FK Austria Wien | 2:3 | Ruch Chorzów | 0:1 | 2:2 |
| NK Hrvatski dragovoljac | 2:4 | Lyngby BK | 1:4 | 1:0 |
| CS Hobscheid | 1:2 | SK Hradec Králové | 0:0 | 1:2 |
| Diósgyőr FC | 5:2 | Sliema Wanderers | 2:0 | 3:2 |
| Ebbw Vale AFC | 1:9 | Kongsvinger IL | 1:6 | 0:3 |
| Torpedo Kutaissi | 7:1 | Erebuni-Homenmen Jerewan | 6:0 | 1:1 |
| Makedonija Skopje | 5:3 | NK Olimpija Ljubljana | 4:2 | 1:1 |
| MŠK Rimavská Sobota | 3:2 | Omagh Town FC | 1:0 | 2:2 |
| Dinaburg Daugavpils | 2:5 | FK Ozeta Dukla Trenčín | 1:1 | 1:4 |
| FK Inkaras Kaunas | 1:1 (5:4 i. E.) | Baku Fəhləsi FK | 1:0 | 0:1 n. V. |
| Altay İzmir | 5:4 | Shamrock Rovers | 3:1 | 2:3 n. V. |
| Turun Palloseura | (a)3:3 | FC Sion | 0:1 | 3:2 |
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Das Hinspiel endete mit 1:0 für Leiftur. Das Spiel wurde aber mit 0:3 für Worskla Poltawa gewertet, da Leiftur einen nicht berechtigten Spieler einsetzte.
2. Runde Bearbeiten
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| FK Vojvodina Novi Sad | 4:0 | Örebro SK | 2:0 | 2:0 |
| Makedonija Skopje | 1:7 | SC Bastia | 1:0 | 0:7 |
| Sampdoria Genua | 2:1 | MŠK Rimavská Sobota | 2:0 | 0:1 |
| Altay İzmir | 2:1 | Diósgyőr FC | 1:1 | 1:0 |
| FK Ozeta Dukla Trenčín | 0:1 | Baltika Kaliningrad | 0:1 | 0:0 |
| Werder Bremen | 5:1 | FK Inkaras Kaunas | 4:1 | 1:0 |
| Örgryte IS | 2:2(a) | Ruch Chorzów | 2:1 | 0:1 |
| Samsunspor | 4:3 | Lyngby BK | 3:0 | 1:3 |
| FC Twente Enschede | 2:0 | Kongsvinger IL | 2:0 | 0:0 |
| Turun Palloseura | 2:5 | Schinnik Jaroslawl | 0:2 | 2:3 |
| FC Boby Brünn | 5:5(a) | Espanyol Barcelona | 5:3 | 0:2 |
| Akademisk BK Gladsaxe | 3:3(a) | Worskla Poltawa | 2:2 | 1:1 |
| SV Austria Salzburg | 3:2 | FC St. Gallen | 3:1 | 0:1 |
| Iraklis Thessaloniki | 3:4 | FC Naţional Bukarest | 3:1 | 0:3 |
| SK Lommel | (a)2:2 | Torpedo Kutaissi | 0:1 | 2:1 |
| Debreceni VSC | (a)1:1 | SK Hradec Králové | 0:0 | 1:1 |
3. Runde Bearbeiten
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| AJ Auxerre | 1:2 | Espanyol Barcelona | 1:1 | 0:1 |
| Ruch Chorzów | 2:2 (4:2 i. E.) | CF Estrela Amadora | 1:1 | 1:1 n. V. |
| FC Valencia | 4:2 | Schinnik Jaroslawl | 4:1 | 0:1 |
| Fortuna Sittard | 5:2 | Worskla Poltawa | 3:0 | 2:2 |
| FC Bologna | (a)3:3 | FC Naţional Bukarest | 2:0 | 1:3 |
| SC Bastia | 4:3 | Altay İzmir | 2:0 | 2:3 n. V. |
| SK Lommel | 2:5 | Werder Bremen | 1:3 | 1:2 |
| FC Twente Enschede | 3:5 | SV Austria Salzburg | 2:2 | 1:3 |
| FK Vojvodina Novi Sad | 4:2 | Baltika Kaliningrad | 4:1 | 0:1 |
| Debreceni VSC | 3:2 | Hansa Rostock | 1:1 | 2:1 |
| KRC Harelbeke | 0:4 | Sampdoria Genua | 0:1 | 0:3 |
| FC Crystal Palace | 0:4 | Samsunspor | 0:2 | 0:2 |
Halbfinale Bearbeiten
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| SC Bastia | 2:4 | FK Vojvodina Novi Sad | 2:0 | 0:4 |
| FC Bologna | 3:2 | Sampdoria Genua | 3:1 | 0:1 |
| Fortuna Sittard | 3:4 | SV Austria Salzburg | 2:1 | 1:3 |
| Ruch Chorzów | 4:0 | Debreceni VSC | 1:0 | 3:0 |
| Werder Bremen | 6:0 | Samsunspor | 3:0 | 3:0 |
| Espanyol Barcelona | 0:3 | FC Valencia | 0:1 | 0:2 |
Finale Bearbeiten
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| SV Austria Salzburg | 1:4 | FC Valencia | 0:2 | 1:2 |
| Werder Bremen | 2:1 | FK Vojvodina Novi Sad | 1:0 | 1:1 |
| FC Bologna | 3:0 | Ruch Chorzów | 1:0 | 2:0 |