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Transkriptom Das ist die Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten das heißt von der DNA

Transkriptom

Das Transkriptom ist die Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten, das heißt von der DNA in RNA umgeschriebenen Gene, also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA-Moleküle.

Eigenschaften Bearbeiten

Der Begriff ist vergleichbar mit dem Proteom, der Gesamtheit der zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle vorliegenden Proteine. Da aber nicht jede nach der Transkription vorliegende RNA, wie z. B. rRNA oder die RNA von Ribonukleoproteinen, in ein Protein übersetzt (translatiert) wird und mRNAs noch prozessiert werden können, sind Proteom und Transkriptom einer Zelle nicht identisch.

Zur Analyse des Transkriptoms wird in aller Regel auf Methoden wie eine RT-PCR mit degenerierten Primern zurückgegriffen, gefolgt von einem DNA-Microarray oder einer DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz (RNA-Seq). RNA-Protein-Interaktionen können mit Methoden wie RIP-Chip, CLIP-Seq, PAR-CLIP oder ICLIP untersucht werden. Eine andere Methode, bei der auch die Aktivität unbekannter Gene beobachtet werden kann, ist die so genannte Serielle Analyse der Genexpression (SAGE) und SuperSAGE.

Unter dem Begriff der Transkriptomik versteht man die Studie der mRNA-Expression einer Zelle. Der Begriff ist eine Analogie zum Begriff Proteomik und synonym zur Genexpressionsanalyse.

Literatur Bearbeiten

  • Volker Erdmann, Jan Barciszewski: RNA Technologies, Springer Berlin, 2012, ISBN 978-3642264900.

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. Khalil AM, Guttman M, Huarte M, et al.: Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106. Jahrgang, Nr. 28, Juli 2009, S. 11667–72, doi:10.1073/pnas.0904715106, PMID 19571010, PMC 2704857 (freier Volltext).
  2. Darnell RB: HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. In: Wiley Interdiscip Rev RNA. 1. Jahrgang, 2010, S. 266–86, doi:10.1002/wrna.31.
  3. Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP. In: Cell. 141. Jahrgang, Nr. 1, 2010, S. 129–141, doi:10.1016/j.cell.2010.03.009, PMID 20371350, PMC 2861495 (freier Volltext).
  4. J. König, K. Zarnack, G. Rot, T. Curk, M. Kayikci, B. Zupan, D. J. Turner, N. M. Luscombe, J. Ule: iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. In: Nature Structural Molecular Biology (2010), Band 17, Ausgabe 7, S. 909–915. doi:10.1038/nsmb.1838. PMID 20601959; PMC 3000544 (freier Volltext).
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Das Transkriptom ist die Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten das heisst von der DNA in RNA umgeschriebenen Gene also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA Molekule Eigenschaften BearbeitenDer Begriff ist vergleichbar mit dem Proteom der Gesamtheit der zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle vorliegenden Proteine Da aber nicht jede nach der Transkription vorliegende RNA wie z B rRNA oder die RNA von Ribonukleoproteinen in ein Protein ubersetzt translatiert wird und mRNAs noch prozessiert werden konnen sind Proteom und Transkriptom einer Zelle nicht identisch Zur Analyse des Transkriptoms wird in aller Regel auf Methoden wie eine RT PCR mit degenerierten Primern zuruckgegriffen gefolgt von einem DNA Microarray oder einer DNA Sequenzierung im Hochdurchsatz RNA Seq RNA Protein Interaktionen konnen mit Methoden wie RIP Chip CLIP Seq PAR CLIP oder ICLIP untersucht werden 1 2 3 4 Eine andere Methode bei der auch die Aktivitat unbekannter Gene beobachtet werden kann ist die so genannte Serielle Analyse der Genexpression SAGE und SuperSAGE Unter dem Begriff der Transkriptomik versteht man die Studie der mRNA Expression einer Zelle Der Begriff ist eine Analogie zum Begriff Proteomik und synonym zur Genexpressionsanalyse Literatur BearbeitenVolker Erdmann Jan Barciszewski RNA Technologies Springer Berlin 2012 ISBN 978 3642264900 Einzelnachweise Bearbeiten Khalil AM Guttman M Huarte M et al Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin modifying complexes and affect gene expression In Proc Natl Acad Sci U S A 106 Jahrgang Nr 28 Juli 2009 S 11667 72 doi 10 1073 pnas 0904715106 PMID 19571010 PMC 2704857 freier Volltext Darnell RB HITS CLIP panoramic views of protein RNA regulation in living cells In Wiley Interdiscip Rev RNA 1 Jahrgang 2010 S 266 86 doi 10 1002 wrna 31 Hafner M Landthaler M Burger L Khorshid M Hausser J Berninger P Rothballer A Ascano M Jr Jungkamp AC Munschauer M Ulrich A Wardle GS Dewell S Zavolan M Tuschl T Transcriptome wide identification of RNA binding protein and microRNA target sites by PAR CLIP In Cell 141 Jahrgang Nr 1 2010 S 129 141 doi 10 1016 j cell 2010 03 009 PMID 20371350 PMC 2861495 freier Volltext J Konig K Zarnack G Rot T Curk M Kayikci B Zupan D J Turner N M Luscombe J Ule iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution In Nature Structural Molecular Biology 2010 Band 17 Ausgabe 7 S 909 915 doi 10 1038 nsmb 1838 PMID 20601959 PMC 3000544 freier Volltext Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Transkriptom amp oldid 137757765