Den Namen Markgrafenkrieg tragen mehrere Kriege im Heiligen Römischen Reich:
- Norddeutscher Markgrafenkrieg (1308–1317), kriegerische Auseinandersetzungen zwischen Brandenburg, den Hansestädten Rostock, Wismar und Stralsund auf der einen, sowie Pommern, Mecklenburg und Dänemark auf der anderen Seite
- Erster Markgrafenkrieg (1449–1450) zwischen der Reichsstadt Nürnberg und dem Ansbacher Markgrafen Albrecht Achilles
- Zweiter Markgrafenkrieg (1552–1555) zwischen Albrecht Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach und den Hochstiften Bamberg und Würzburg und der Reichsstadt Nürnberg und später Moritz von Sachsen