Karl Kaerner (* 26. Juli 1804 in Kusel; † 30. September 1869 in München) war ein deutscher Bauingenieur.
Kaerner studierte ab 1823 am Polytechnischen Institut in Berlin. Sein Studium schloss er 1828 mit der Prüfung für den Staatsbaudienst ab.
1848 kam Kaerner nach Rosenheim und übernahm dort den Posten des Vorstandes der Kgl. Bauinspektion. Einer seiner bedeutendsten ingenieurtechnischen Leistungen war 1851 der Bau der überdachten Maximiliansbrücke, die bis zu ihrer Sprengung 1945 in Mühldorf a.Inn über den Inn führte. Vier Monate nach ihrer Einweihung dankte der Magistrat der Stadt Mühldorf am 14. Februar 1852 Kaerner mit der Verleihung der Ehrenbürgerschaft.
Heute ist zudem im Norden der Stadt eine Straße nach ihm benannt.