Janin-Plot

Der Janin-Plot (auch Janin-Diagramm, nach Joël Janin, der es 1978 entwickelte) ist ein biochemisches Diagramm, das die statistische Verteilung von Kombinationen von Diederwinkeln anzeigt. Während im Ramachandran-Plot jeweils zwei Diederwinkel (φ und ψ) eines bestimmten Protein-Backbones dargestellt werden, gibt der Janin-Plot die Diederwinkel der Aminosäureseitenketten wieder (χ₁ und χ₂). Da nicht alle Aminosäuren diese Diederwinkel aufweisen, können manche Aminosäuren nicht im Janin-Plot dargestellt werden. Die Korrelation hängt ab von den verschiedenen Aminosäuren und der Sekundärstruktur ihrer Sequenzen. Im Janin-Plot können Sekundärstrukturen wie α-Helices und β-Faltblätter identifiziert werden.

Ein Janin-Plot der R18-Position der kleineren Untereinheit des Dynein (PDB 1Y4O). Die blaue Region kennzeichnet helikale Bereiche, die gelbe Faltblatt-Bereiche.

Einzelnachweise

1. J. Janin, S. Wodak: Conformation of amino acid side-chains in proteins. In: Journal of molecular biology. Band 125, Nummer 3, November 1978, S. 357–386, ISSN 0022-2836. PMID 731698.
2. J. F. Doreleijers, A. W. Sousa da Silva, E. Krieger, S. B. Nabuurs, C. A. Spronk, T. J. Stevens, W. F. Vranken, G. Vriend, G. W. Vuister: CING: an integrated residue-based structure validation program suite. In: Journal of biomolecular NMR. Band 54, Nummer 3, November 2012, S. 267–283, ISSN 1573-5001. doi:10.1007/s10858-012-9669-7. PMID 22986687. PMC 3483101 (freier Volltext).