Hauptgraben ist ein Gewässername:
- Branitz-Dissenchener Hauptgraben, linker Zufluss der Verlegung Tranitz bei Dissenchen, Stadt Cottbus, Brandenburg
- Buckauer Hauptgraben, am Oberlauf Kobser Bach, linker Zufluss der Buckau bei Viesen, Gemeinde Rosenau, Landkreis Potsdam-Mittelmark, Brandenburg
- Hauptgraben (Bie), rechter Zufluss der Bie in St. Andrä-Wördern, Bezirk Tulln, Niederösterreich
- Hauptgraben (Erlenbach), rechter Oberlauf des Erlenbachs bis Syburg, Gemeinde Bergen, Landkreis Weißenburg-Gunzenhausen, Bayern
- Hauptgraben, älterer Name des Eisingerbachs, linker Zufluss des Gennenbachs oder Gengenbachs vor Stein, Gemeinde Königsbach-Stein, Enzkreis, Baden-Württemberg
- Knüppelscher Hauptgraben Entwässerungsgraben auf Usedom vom Kachliner See zum Göthensee bis Ulrichshorst, Gemeinde Korswandt, Landkreis Vorpommern-Greifswald, Mecklenburg-Vorpommern
- Letschiner Hauptgraben, rechter Zufluss der Wriezener Alten Oder bei Wriezen, Landkreis Märkisch-Oderland, Bundesland Brandenburg; Entwässerungsgraben im Oderbruch