Allelspezifisches Oligonukleotid Ein allelspezifisches Oligonukleotid ASO ist eine kurze meist synthetische DNA die in d

Ein allelspezifisches Oligonukleotid (ASO) ist eine kurze, meist synthetische DNA, die in der Biochemie und Molekularbiologie zur Unterscheidung von Einzelnukleotid-Polymorphismen verwendet wird.

Allelspezifisches Oligonukleotid in einer kompetiven allelspezifischen Polymerasekettenreaktion

Eigenschaften Bearbeiten

Die DNA unterschiedlicher Individuen enthalten verschiedene Mutationen, darunter solche vom Typ der Einzelnukleotidpolymorphismen. Diese mutierten Varianten unterscheiden sich nur in einem Nukleotid und kommen teilweise nur auf einem Allel vor, was einen spezifischen Nachweis einer bestimmten Variante erschwert. Allelspezifische Oligonukleotide binden spezifisch nur an eine der Varianten und können somit zum Nachweis einzelner Einzelnukleotidpolymorphismen verwendet werden. ASO sind meistens zwischen 15 und 21 Nukleotiden lang, komplementär zu ihren jeweiligen Ziel-DNA-Sequenzen und markiert.

Anwendungen Bearbeiten

ASO werden unter anderem als Hybridisierungssonde beim Southern Blot, beim Dot Blot und als allelspezifische Primer bei der Polymerasekettenreaktion verwendet. Alternativ können Einzelnukleotidpolymorphismen per DNA-Sequenzierung nachgewiesen werden.

Geschichte Bearbeiten

Allelspezifische Oligonukleotide wurden 1979 von R. Bruce Wallace entwickelt. Die Verwendung in einer Polymerasekettenreaktion erfolgte erstmals 1985.

Weblinks Bearbeiten

Bild eines ASO-Autoradiogramms

Einzelnachweise Bearbeiten

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[4] R. B. Wallace, J. Shaffer, R. F. Murphy, J. Bonner, T. Hirose, K. Itakura: Hybridization of synthetic oligodeoxyribonucleotides to phi chi 174 DNA: the effect of single base pair mismatch. In: Nucleic Acids Research. Band 6, Nummer 11, August 1979, ISSN 0305-1048, S. 3543–3557, PMID 158748, PMC 327955 (freier Volltext).

[5] B. J. Conner, A. A. Reyes, C. Morin, K. Itakura, R. L. Teplitz, R. B. Wallace: Detection of sickle cell beta S-globin allele by hybridization with synthetic oligonucleotides. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Band 80, Nummer 1, Januar 1983, ISSN 0027-8424, S. 278–282, PMID 6572002, PMC 393356 (freier Volltext).

[Saiki2-6] R. K. Saiki, T. L. Bugawan, G. T. Horn, K. B. Mullis, H. A. Erlich: Analysis of enzymatically amplified beta-globin and HLA-DQ alpha DNA with allele-specific oligonucleotide probes. In: Nature. Band 324, Nummer 6093, 1986 Nov 13–19, ISSN 0028-0836, S. 163–166, doi:10.1038/324163a0, PMID 3785382.