Drei Schiffe der United States Navy wurden nach der Stadt San Francisco auf den Namen USS San Francisco getauft:
- USS San Francisco (C-5) (1890), ein geschützter Kreuzer (später Minenkreuzer, Code seit 1920 CM-2, Name später Tahoe und Yosemite)
- USS San Francisco (CA-38), ein schwerer Kreuzer der New-Orleans-Klasse
- USS San Francisco (SSN-711), ein nukleargetriebenes Jagd-U-Boot der Los-Angeles-Klasse