mzDB ist ein offenes Dateiformat in der Chromatographie Massenspektrometrie Es speichert die Messdaten in einer relation

mzDB ist ein offenes Dateiformat in der Chromatographie/Massenspektrometrie. Es speichert die Messdaten in einer relationalen Datenbank ab. Insbesondere bei größeren Datensätzen, die bei Experimenten in der Proteomik auftreten können, lassen sich die Messsignale so effizienter extrahieren und Zielverbindungen zuordnen. Die verwendete SQLite-Datenbank benötigt keinen Server und liegt portabel als Datei vor. Im Vergleich mit XML-basierten Dateiformaten wie mzML ist die Dateigröße geringer. Die Zugriffszeit ist im Vergleich zu binären Formaten wie mz5 verringert.

mzDB
Dateiendung:	`.mzDB`
Aktuelle Version	0.7
Erweitert von:	SQLite

Einzelnachweise Bearbeiten

David Bouyssié, Marc Dubois, Sara Nasso, Anne Gonzalez de Peredo, Odile Burlet-Schiltz, Ruedi Aebersold, Bernard Monsarrat: mzDB: a file format using multiple indexing strategies for the efficient analysis of large LC-MS/MS and SWATH-MS data sets. In: Molecular & cellular proteomics: MCP. Band 14, Nr. 3, 2015, ISSN 1535-9484, S. 771–781, doi:10.1074/mcp.O114.039115, PMID 25505153.

Weblinks Bearbeiten

mzDB auf GitHub

[1] David Bouyssié, Marc Dubois, Sara Nasso, Anne Gonzalez de Peredo, Odile Burlet-Schiltz, Ruedi Aebersold, Bernard Monsarrat: mzDB: a file format using multiple indexing strategies for the efficient analysis of large LC-MS/MS and SWATH-MS data sets. In: Molecular & cellular proteomics: MCP. Band 14, Nr. 3, 2015, ISSN 1535-9484, S. 771–781, doi:10.1074/mcp.O114.039115, PMID 25505153.