Margarete von Bayern ist der Name folgender Personen:
- Margarete von Bayern (1325–1374), Tochter Ludwigs des Bayern und Ehefrau Stephans von Slawonien
- Margarete von Bayern (1363–1423), Tochter Albrechts I. von Bayern-Straubing-Holland und Ehefrau Johanns von Burgund
- Margarete von Bayern (1442–1479), Tochter Albrechts III. von Bayern-München und Ehefrau Federico Gonzagas
- Margarete von Bayern (1456–1501), Tochter Ludwigs IX. von Bayern-Landshut und Ehefrau Philipps von der Pfalz
- Margarete von Bayern (1480–1531), Tochter Georgs von Bayern-Landshut und Äbtissin in Neuburg an der Donau
- Margarete von Brandenburg (1410–1465), durch Heirat Herzogin von Bayern-Ingolstadt