Die Liste der estnischen Botschafter in Portugal listet die Botschafter der Republik Estland in Portugal auf. Die estnische Botschaft befindet sich in der portugiesischen Hauptstadt Lissabon.
| Ernennung/ Akkreditierung | Botschafter | Bemerkungen | ernannt durch Präsident der Republik Estland | akkreditiert bei Präsident Portugals | Posten verlassen |
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| 1996 | Andres Tomasberg | Botschafter Sitz in Paris | Lennart Meri | Jorge Sampaio | 1997 |
| 1997 | Meelike Palli | Geschäftsträger | 1999 | ||
| 1999 | Paul Lettens | Geschäftsträger | 2002 | ||
| 2000 | Raul Mälk | Botschafter in London ab 2001 in Tallinn | 2003 | ||
| 2002 | Märt Piiskop | Geschäftsträger | Arnold Rüütel | 2003 | |
| 2003 | Aino Lepik von Wirén | Botschafter in Lissabon | 2006 | ||
| 2006 | Mart Tarmak | Toomas Hendrik Ilves | Aníbal Cavaco Silva | 2010 | |
| 2010 | Marin Mõttus | 2013 | |||
| 30. Okt. 2013 | Andres Rundu |