San Francisco Javier ist der Name folgender Orte:
- San Francisco Javier (El Salvador) im Departamento Usulután
- San Francisco Javier (Durango) in Mexiko
- San Francisco Javier (Oaxaca) in Mexiko
- San Francisco Javier, anderer Name für Sant Francesc de Formentera in Spanien
San Francisco Javier ist der Name der Basilika im Castillo de Javier (Navarra)