San Borja bezeichnet:
- Francisco de Borja (Jesuit) (1510–1572), spanisch auch San Borja, Heiliger
- San Borja (Ledesma), Ort in Argentinien
- San Borja (Ballivián), Stadt in der Provinz Ballivián, Bolivien
- San Borja (Río Blanco), Ortschaft am Río Blanco im Departamento Beni, Bolivien
- Municipio San Borja, Municipio in der Provinz Ballivián, Bolivien
- Distrikt San Borja, Bezirk in der Provinz Lima in Peru