Río San Fernando bezeichnet mehrere Fließgewässer in Süd- und Mittelamerika, darunter:
- Río San Fernando (Laguna Madre), ein Zufluss der Laguna Madre in Nordost-Mexiko
- Río San Fernando (Río Mantaro), ein linker Nebenfluss des Río Mantaro in Zentral-Peru
- ein Zufluss des Río Paraguay im äußersten Osten von Bolivien