www.wikidata.de-de.nina.az

Genomamplifikation Die engl whole genome amplification WGA bezeichnet biochemische Methoden zur Vervielfältigung Amplifi

Genomamplifikation

Die Genomamplifikation (engl. whole genome amplification, WGA) bezeichnet biochemische Methoden zur Vervielfältigung (Amplifikation) von ganzen Genomen.

Eigenschaften Bearbeiten

Methoden zur Genomamplifikation umfassen Varianten der Polymerasekettenreaktion (PCR) und der isothermalen DNA-Amplifikation. Als PCR-basierte Varianten werden das Primer Extension Preamplification und die Amplifikation mit degenerierten Primern (DOP-PCR) eingesetzt. Als isothermale Variante wird die Multidisplacement Amplification (MDA) verwendet. Weiterhin wird die Multiple Annealing and Looping-based Amplification Cycles (MALBAC) eingesetzt.

Durch die Genomamplifikation können geringe DNA-Mengen (z. B. bei einer Einzelzellanalyse) oder DNA von schlechter Qualität (z. B. aus FFPE-Geweben mit geringen Mengen intakter DNA) vervielfacht werden. Je nach verwendeter Methode besteht eine unterschiedliche Voreingenommenheit (engl. bias) der jeweiligen DNA-Polymerase bezüglich der bevorzugt gebundenen DNA-Sequenzen.

Anwendungen Bearbeiten

Anwendungsmöglichkeiten der Genomamplifikation bestehen in der Forensik, Pränataldiagnostik, Bioterrorismus, Konservierung von klinischen Proben und der Genotypisierung.

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. ↑ R. Pinard, A. de Winter, G. J. Sarkis, M. B. Gerstein, K. R. Tartaro, R. N. Plant, M. Egholm, J. M. Rothberg, J. H. Leamon: Assessment of whole genome amplification-induced bias through high-throughput, massively parallel whole genome sequencing. In: BMC genomics. Band 7, August 2006, S. 216, doi:10.1186/1471-2164-7-216, PMID 16928277, PMC 1560136 (freier Volltext).
  2. L. Zhang, X. Cui, K. Schmitt, R. Hubert, W. Navidi, N. Arnheim: Whole genome amplification from a single cell: implications for genetic analysis. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 89, Nummer 13, Juli 1992, S. 5847–5851, PMID 1631067, PMC 49394 (freier Volltext).
  3. F. B. Dean, S. Hosono, L. Fang, X. Wu, A. F. Faruqi, P. Bray-Ward, Z. Sun, Q. Zong, Y. Du, J. Du, M. Driscoll, W. Song, S. F. Kingsmore, M. Egholm, R. S. Lasken: Comprehensive human genome amplification using multiple displacement amplification. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 99, Nummer 8, April 2002, S. 5261–5266, doi:10.1073/pnas.082089499, PMID 11959976, PMC 122757 (freier Volltext).
  4. H. Telenius, N. P. Carter, C. E. Bebb, M. Nordenskjöld, B. A. Ponder, A. Tunnacliffe: Degenerate oligonucleotide-primed PCR: general amplification of target DNA by a single degenerate primer. In: Genomics. Band 13, Nummer 3, Juli 1992, S. 718–725, PMID 1639399.
  5. L. Huang, F. Ma, A. Chapman, S. Lu, X. S. Xie: Single-Cell Whole-Genome Amplification and Sequencing: Methodology and Applications. In: Annual review of genomics and human genetics. Band 16, 2015, S. 79–102, doi:10.1146/annurev-genom-090413-025352, PMID 26077818.
  6. J. F. Swennenhuis, L. Terstappen: Sample Preparation Methods Following CellSearch Approach Compatible of Single-Cell Whole-Genome Amplification: An Overview. In: Methods in molecular biology. Band 1347, 2015, S. 57–67, doi:10.1007/978-1-4939-2990-0_4, PMID 26374309.
  7. Z. T. Czyz, S. Kirsch, B. Polzer: Principles of Whole-Genome Amplification. In: Methods in molecular biology. Band 1347, 2015, S. 1–14, doi:10.1007/978-1-4939-2990-0_1, PMID 26374306.
  8. J. Sabina, J. H. Leamon: Bias in Whole Genome Amplification: Causes and Considerations. In: Methods in molecular biology. Band 1347, 2015, S. 15–41, doi:10.1007/978-1-4939-2990-0_2, PMID 26374307.
  9. T. L. Hawkins, J. C. Detter, P. M. Richardson: Whole genome amplification–applications and advances. In: Current Opinion in Biotechnology. Band 13, Nummer 1, Februar 2002, S. 65–67, PMID 11849960.
  10. K. Silander, J. Saarela: Whole genome amplification with Phi29 DNA polymerase to enable genetic or genomic analysis of samples of low DNA yield. In: Methods in molecular biology. Band 439, 2008, S. 1–18, doi:10.1007/978-1-59745-188-8_1, PMID 18370092.
wikipedia, wiki, deutsches, deutschland, buch, bücher, bibliothek artikel lesen, herunterladen kostenlos kostenloser herunterladen, MP3, Video, MP4, 3GP, JPG, JPEG, GIF, PNG, Bild, Musik, Lied, Film, Buch, Spiel, Spiele
Veröffentlichungsdatum:
Die Genomamplifikation engl whole genome amplification WGA bezeichnet biochemische Methoden zur Vervielfaltigung Amplifikation von ganzen Genomen Eigenschaften BearbeitenMethoden zur Genomamplifikation umfassen Varianten der Polymerasekettenreaktion PCR und der isothermalen DNA Amplifikation 1 Als PCR basierte Varianten werden das Primer Extension Preamplification 2 und die Amplifikation mit degenerierten Primern DOP PCR eingesetzt 1 3 Als isothermale Variante wird die Multidisplacement Amplification MDA verwendet 1 4 Weiterhin wird die Multiple Annealing and Looping based Amplification Cycles MALBAC eingesetzt 5 Durch die Genomamplifikation konnen geringe DNA Mengen z B bei einer Einzelzellanalyse 6 oder DNA von schlechter Qualitat z B aus FFPE Geweben mit geringen Mengen intakter DNA vervielfacht werden 7 Je nach verwendeter Methode besteht eine unterschiedliche Voreingenommenheit engl bias der jeweiligen DNA Polymerase bezuglich der bevorzugt gebundenen DNA Sequenzen 8 Anwendungen BearbeitenAnwendungsmoglichkeiten der Genomamplifikation bestehen in der Forensik Pranataldiagnostik Bioterrorismus Konservierung von klinischen Proben und der Genotypisierung 9 10 Einzelnachweise Bearbeiten a b c R Pinard A de Winter G J Sarkis M B Gerstein K R Tartaro R N Plant M Egholm J M Rothberg J H Leamon Assessment of whole genome amplification induced bias through high throughput massively parallel whole genome sequencing In BMC genomics Band 7 August 2006 S 216 doi 10 1186 1471 2164 7 216 PMID 16928277 PMC 1560136 freier Volltext L Zhang X Cui K Schmitt R Hubert W Navidi N Arnheim Whole genome amplification from a single cell implications for genetic analysis In Proceedings of the National Academy of Sciences Band 89 Nummer 13 Juli 1992 S 5847 5851 PMID 1631067 PMC 49394 freier Volltext F B Dean S Hosono L Fang X Wu A F Faruqi P Bray Ward Z Sun Q Zong Y Du J Du M Driscoll W Song S F Kingsmore M Egholm R S Lasken Comprehensive human genome amplification using multiple displacement amplification In Proceedings of the National Academy of Sciences Band 99 Nummer 8 April 2002 S 5261 5266 doi 10 1073 pnas 082089499 PMID 11959976 PMC 122757 freier Volltext H Telenius N P Carter C E Bebb M Nordenskjold B A Ponder A Tunnacliffe Degenerate oligonucleotide primed PCR general amplification of target DNA by a single degenerate primer In Genomics Band 13 Nummer 3 Juli 1992 S 718 725 PMID 1639399 L Huang F Ma A Chapman S Lu X S Xie Single Cell Whole Genome Amplification and Sequencing Methodology and Applications In Annual review of genomics and human genetics Band 16 2015 S 79 102 doi 10 1146 annurev genom 090413 025352 PMID 26077818 J F Swennenhuis L Terstappen Sample Preparation Methods Following CellSearch Approach Compatible of Single Cell Whole Genome Amplification An Overview In Methods in molecular biology Band 1347 2015 S 57 67 doi 10 1007 978 1 4939 2990 0 4 PMID 26374309 Z T Czyz S Kirsch B Polzer Principles of Whole Genome Amplification In Methods in molecular biology Band 1347 2015 S 1 14 doi 10 1007 978 1 4939 2990 0 1 PMID 26374306 J Sabina J H Leamon Bias in Whole Genome Amplification Causes and Considerations In Methods in molecular biology Band 1347 2015 S 15 41 doi 10 1007 978 1 4939 2990 0 2 PMID 26374307 T L Hawkins J C Detter P M Richardson Whole genome amplification applications and advances In Current Opinion in Biotechnology Band 13 Nummer 1 Februar 2002 S 65 67 PMID 11849960 K Silander J Saarela Whole genome amplification with Phi29 DNA polymerase to enable genetic or genomic analysis of samples of low DNA yield In Methods in molecular biology Band 439 2008 S 1 18 doi 10 1007 978 1 59745 188 8 1 PMID 18370092 Abgerufen von https de wikipedia org w index php title Genomamplifikation amp oldid 182842353